当前解析结果
SmilChr02G003784| 统一新 Gene ID | SmilChr02G003784 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G003784 |
| 描述 | metal transporter Nramp3.1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 59511130 - 59513317 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131010729 |
|---|---|
| GeneID | 131010729 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131010729 |
| 原始查询 | LOC131010729 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | metal transporter Nramp3.1-like |
| 产物 | metal transporter Nramp3.1-like |
| Arabidopsis | AT1G47240 (NRAMP2)NRAMP metal ion transporter 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841127] identity=71.5; qcov=0.872; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os12g0581600 (OsNRAMP7)- identity=67.3; qcov=0.85; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005384 (manganese ion transmembrane transporter activity); GO:0015086 (cadmium ion transmembrane transporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0030001 (metal ion transport) |
| KEGG | smil04142 (Lysosome biogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF01566 (Nramp) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131010729 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole | 液泡 | 1.00000 | XP_057794374.1 |
| 2 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 1.00000 | XP_057794374.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057794374.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057794374.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057794374.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:59511392 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr2:59512770 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A21 |
Chr2:59512963 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B32 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057794374.1PF01566
Nramp 92-490 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057794374.1 |
Pfam | PF01566 |
Nramp | Domain | 92 | 490 | 5e-119 | 398.5 | Natural resistance-associated macrophage protein-like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。