Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003793

染色体: Chr02 坐标: 59579878-59588526 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003793
名称SmilChr02G003793
描述WD40 repeat-containing protein HOS15-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向59579878 - 59588526 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010737
GeneID131010737
locus_tag-
NCBI NameLOC131010737
原始查询LOC131010737

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述WD40 repeat-containing protein HOS15-like
产物WD40 repeat-containing protein HOS15-like
ArabidopsisAT5G67320 (HOS15)
WD-40 repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836867]
identity=66.7; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0405100 (OsWD40-141)
-
identity=73.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000118 (histone deacetylase complex); GO:0003714 (transcription corepressor activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II); GO:0016575 (GO:0016575)
KEGG-
PfamPF00400 (WD40); PF08513 (LisH); PF12894 (ANAPC4_WD40)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010737

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057794381.1
2 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057794381.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794381.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794381.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057794381.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:59580645 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr2:59582423 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B107,B140,B56,B96,D9
Chr2:59582492 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 D9
Chr2:59582492 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 D9
Chr2:59583854 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr2:59583920 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B121,B122,B71,B82,C62
Chr2:59586755 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B47,B63,B7,C78
Chr2:59586863 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B36,B91

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794381.1
594 aa
N
1
297
594
LisH
WD40
ANAPC4_WD40
WD40
WD40
ANAPC4_WD40
WD40
WD40
WD40
C
PF08513 LisH 8-33 aa PF00400 WD40 241-275 aa PF12894 ANAPC4_WD40 297-348 aa PF00400 WD40 305-333 aa PF00400 WD40 336-374 aa PF12894 ANAPC4_WD40 405-480 aa PF00400 WD40 420-457 aa PF00400 WD40 463-508 aa PF00400 WD40 513-550 aa
XP_057794382.1
437 aa
N
1
218
437
WD40
ANAPC4_WD40
WD40
WD40
ANAPC4_WD40
WD40
WD40
WD40
C
PF00400 WD40 84-118 aa PF12894 ANAPC4_WD40 140-191 aa PF00400 WD40 148-176 aa PF00400 WD40 179-217 aa PF12894 ANAPC4_WD40 247-323 aa PF00400 WD40 263-300 aa PF00400 WD40 306-351 aa PF00400 WD40 356-393 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794381.1 Pfam PF08513 LisH Domain 8 33 6.4e-08 33.0 LisH
XP_057794381.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 241 275 6e-69 226.3 WD domain, G-beta repeat
XP_057794381.1 Pfam PF12894 ANAPC4_WD40 Repeat 297 348 2.7e-29 101.9 Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain
XP_057794381.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 305 333 6e-69 226.3 WD domain, G-beta repeat
XP_057794381.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 336 374 6e-69 226.3 WD domain, G-beta repeat
XP_057794381.1 Pfam PF12894 ANAPC4_WD40 Repeat 405 480 2.7e-29 101.9 Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain
XP_057794381.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 420 457 6e-69 226.3 WD domain, G-beta repeat
XP_057794381.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 463 508 6e-69 226.3 WD domain, G-beta repeat
XP_057794381.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 513 550 6e-69 226.3 WD domain, G-beta repeat
XP_057794382.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 84 118 3.1e-70 230.3 WD domain, G-beta repeat
XP_057794382.1 Pfam PF12894 ANAPC4_WD40 Repeat 140 191 2e-30 105.6 Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain
XP_057794382.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 148 176 3.1e-70 230.3 WD domain, G-beta repeat
XP_057794382.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 179 217 3.1e-70 230.3 WD domain, G-beta repeat
XP_057794382.1 Pfam PF12894 ANAPC4_WD40 Repeat 247 323 2e-30 105.6 Anaphase-promoting complex subunit 4 WD40 domain
XP_057794382.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 263 300 3.1e-70 230.3 WD domain, G-beta repeat
XP_057794382.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 306 351 3.1e-70 230.3 WD domain, G-beta repeat
XP_057794382.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 356 393 3.1e-70 230.3 WD domain, G-beta repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938398.1
CCTAAATCTATAGTCGGAAAAAACCCAGTTCGAAATAGCAGCAGCATTCTTCCCCTCCGCTCCCCCAAATCCCTCTCTCTCACACCCAAATTCACAGATAAGAGAGAGAAAGTCGTACATGCAGGGGATTCTCGACAATGATTGCAATTACCTCCGCCGAGTTGAACTACCTCATCTTCCGTTATCTTAACGAATCTGGATTCACACATTCTGCATTCGCTTTAGGATATGAGGCTGGGATTAATAAAAGTAACATTGAT...
XM_057938399.1
TCTTCCCCTCCGCTCCCCCAAATCCCTCTCTCTCACACCCAAATTCACAGATAAGAGAGAGAAAGTCGTACATGCAGGGGATTCTCGACAATGATTGCAATTACCTCCGCCGAGTTGAACTACCTCATCTTCCGTTATCTTAACGAATCTGGGGAACTGTACGAATTGAGCCTTTAGAAAGAAGTTAAAGTTGCCAGTTCAACAAAGCATGCCTTTCTTATTATTTGAATACCGAAACCAGTCATACAAAGGTTCATCTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131010737
ATGATTGCAATTACCTCCGCCGAGTTGAACTACCTCATCTTCCGTTATCTTAACGAATCTGGATTCACACATTCTGCATTCGCTTTAGGATATGAGGCTGGGATTAATAAAAGTAACATTGATGGCAACCTTGTTCCACCTGGGGCTCTCGTTACATTTGTTCAGAAAGGAATTCAGTATCTTGAACTAGAAGCAAACTTGACTAGCGATGATTTGGAAACAGATGATGATTTCCAGTTCCTACATCCTTTGGATCTAAT...
LOC131010737
ATGGAGAAAGAGAAGGAGAAGGAGAAAGAGAAGGAGAAAGAGAAGGAGAAGGAGAAAGAGAAGGAGAAGGAGAAAGATAAAGAGAAAGGCAAAGAAAAGGAAAAGCCCTTTGAGGATGCCAGTGATGTTAATCATATGGGCGATGAGATTAATGGTAAACTTGAGGAGAATGGAAATGATGGAGGGCCAGAACCAATGGATATCTGCCCTAGTTTACCTTCCCTGCCTTGTGAATTCCCAAATAGTGATGTAACAGTTTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057794381.1
MIAITSAELNYLIFRYLNESGFTHSAFALGYEAGINKSNIDGNLVPPGALVTFVQKGIQYLELEANLTSDDLETDDDFQFLHPLDLITKDVDELQRIIKEKKENIQKDKSKGKEKENIENGREHDRRLAIEKEKEIAKEKENEKQQREKEKERDRERMEKEKEKEKEKEKEKEKEKEKEKEKDKEKGKEKEKPFEDASDVNHMGDEINGKLEENGNDGGPEPMDICPSLPSLPCEFPNSDVTVLQGHTSEVFACAWNPTG...
XP_057794382.1
MEKEKEKEKEKEKEKEKEKEKEKEKDKEKGKEKEKPFEDASDVNHMGDEINGKLEENGNDGGPEPMDICPSLPSLPCEFPNSDVTVLQGHTSEVFACAWNPTGSLLASGSGDSTARIWTIDGPSSSNTENGPFNVVLRHFKGRTNEKSKDVTTLDWNMDGTLLATGSYDGQARIWSKDGELISTLNKHKGPIFSLKWNKKGDFLLSGSVDKTAIVWDVKTGEWRQQFEFHSAPALDVDWRNNFSFATCSTDSMIYVCKVG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器