当前解析结果
SmilChr02G003831| 统一新 Gene ID | SmilChr02G003831 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G003831 |
| 描述 | F-box protein GID2 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 59953200 - 59954266 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131010771 |
|---|---|
| GeneID | 131010771 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131010771 |
| 原始查询 | LOC131010771 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | F-box protein GID2 |
| 产物 | F-box protein GID2 |
| Arabidopsis | AT4G24210 (SLY1)F-box family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828522] identity=44.2; qcov=0.96; evalue=1.05e-39; confidence=medium |
| Rice | Os02g0580300 (GF14E)- identity=39.6; qcov=0.753; evalue=1.93e-16; confidence=low |
| GO | GO:0005515 (protein binding); GO:0009740 (gibberellic acid mediated signaling pathway); GO:0009937 (regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway); GO:0019005 (SCF ubiquitin ligase complex) |
| KEGG | smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF12937 (F-box-like) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131010771 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057794420.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057794420.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057794420.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057794420.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057794420.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:59953649 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A7 |
Chr2:59953727 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr2:59953754 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A7,D11 |
Chr2:59953826 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C21 |
Chr2:59953861 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B23 |
Chr2:59953973 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B100,B7,B75,C87 |
Chr2:59954006 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B104,B59,B69 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057794420.1PF12937
F-box-like 57-96 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057794420.1 |
Pfam | PF12937 |
F-box-like | Domain | 57 | 96 | 5.7e-06 | 26.7 | F-box-like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。