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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004060

染色体: Chr01 坐标: 59027906-59028289 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004060
名称SmilChr01G004060
描述antifungal protein ginkbilobin-like protein
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向59027906 - 59028289 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010794
GeneID131010794
locus_tag-
NCBI NameLOC131010794
原始查询LOC131010794

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述antifungal protein ginkbilobin-like protein
产物antifungal protein ginkbilobin-like protein
ArabidopsisAT5G37660 (PDLP7)
plasmodesmata-located protein 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833744]
identity=30.6; qcov=0.772; evalue=6.29e-09; confidence=low
RiceOs05g0493100
-
identity=40.7; qcov=0.465; evalue=1.3e-07; confidence=low
GOGO:0009506 (plasmodesma)
KEGG-
PfamPF01657 (Stress-antifung)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010794

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.80000 XP_057794440.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.60000 XP_057794440.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794440.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794440.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794440.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:59027998 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B115,B20,B94,C39,C54
Chr1:59028166 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr1:59028260 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794440.1
127 aa
N
1
64
127
Stress-antifung
C
PF01657 Stress-antifung 30-125 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794440.1 Pfam PF01657 Stress-antifung Family 30 125 1.6e-11 45.5 Salt stress response/antifungal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938457.1
ATGGCGTACATGAAGATTGTGATAATAATGGGTGTGTTGTTGGTTGCAGCAGAGAGCACCCCAAACATTAATATAAATGAGTGGCGCTGCAACGTGAATCACTATTCCGAAAACGATGCTTACGCCGACAACGTCAACTACGTCCTTACAGATTTGGTGAAGCAGACACCCTACGCGCTCGCCTACGATTACTACAGCAAGTCGCCCTCCAACACCGCCATCTGCTACGGCCACGCCACCTGCAACACTGCGCTCTCCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010794
ATGGCGTACATGAAGATTGTGATAATAATGGGTGTGTTGTTGGTTGCAGCAGAGAGCACCCCAAACATTAATATAAATGAGTGGCGCTGCAACGTGAATCACTATTCCGAAAACGATGCTTACGCCGACAACGTCAACTACGTCCTTACAGATTTGGTGAAGCAGACACCCTACGCGCTCGCCTACGATTACTACAGCAAGTCGCCCTCCAACACCGCCATCTGCTACGGCCACGCCACCTGCAACACTGCGCTCTCCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794440.1
MAYMKIVIIMGVLLVAAESTPNININEWRCNVNHYSENDAYADNVNYVLTDLVKQTPYALAYDYYSKSPSNTAICYGHATCNTALSSNDCNDCLVVAATTVKIYCEDRIGGMMELVDCTIRYENYPF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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