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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003878`

染色体: Chr02 坐标: 60843060-60846333 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003878`
名称	SmilChr02G003878
描述	protein ROOT INITIATION DEFECTIVE 3
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	60843060 - 60846333 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010820`
GeneID	`131010820`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010820`
原始查询	`LOC131010820`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein ROOT INITIATION DEFECTIVE 3
产物	protein ROOT INITIATION DEFECTIVE 3
Arabidopsis	`AT3G49180` (RID3) Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824079] identity=52.3; qcov=0.965; evalue=2.57e-166; confidence=high
Rice	`Os07g0408100` (OsWD40-142) - identity=55.5; qcov=0.746; evalue=3.15e-129; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0005656 (nuclear pre-replicative complex); GO:0006261 (DNA-templated DNA replication); GO:0006364 (rRNA processing); GO:0097344 (GO:0097344)
KEGG	-
Pfam	PF00400 (WD40)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010820

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057794466.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057794466.1`
3	Autophagosome	Autophagosome	0.20000	`XP_057794466.1`
4	Spindle	Spindle	0.20000	`XP_057794466.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057794466.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:60843516`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr2:60843809`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C5
`Chr2:60843988`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C44,C47,C62,C70
`Chr2:60844473`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B74
`Chr2:60844495`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,B84
`Chr2:60845272`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B107,B140
`Chr2:60845514`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B56,B96
`Chr2:60845619`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B107,B140
`Chr2:60845643`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A21,B104,B84
`Chr2:60845989`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B107,B140
`Chr2:60846029`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B78
`Chr2:60846060`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794466.1

452 aa

226

452

WD40

PF00400 WD40 113-151 aa PF00400 WD40 170-206 aa PF00400 WD40 263-298 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794466.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	113	151	2.2e-29	101.3	WD domain, G-beta repeat
`XP_057794466.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	170	206	2.2e-29	101.3	WD domain, G-beta repeat
`XP_057794466.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	263	298	2.2e-29	101.3	WD domain, G-beta repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938483.1
AACTGTGAGTTGACAATGGACCCTGAAGTAGTAATCGCCTCATCTCCGACCGACGCCGGCATCAGCTGCTGGGACCTCCGTACCGGAGCGGAGCACCTCCGCTACAGGTCTTGTGCCTCTCCGCTGCACGGCCTCACCTCCGTTGCCGGTCGCTTCCTCGCCTCTGCTCAAGTCCGAGACGCCAAGTCTTCTACTTCCGGCTCCATTCTCTACTGGTCGTGGAACAAGCCTCAGGTTGAAGTAAAGAGCTTCCCAGCAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010820
ATGGACCCTGAAGTAGTAATCGCCTCATCTCCGACCGACGCCGGCATCAGCTGCTGGGACCTCCGTACCGGAGCGGAGCACCTCCGCTACAGGTCTTGTGCCTCTCCGCTGCACGGCCTCACCTCCGTTGCCGGTCGCTTCCTCGCCTCTGCTCAAGTCCGAGACGCCAAGTCTTCTACTTCCGGCTCCATTCTCTACTGGTCGTGGAACAAGCCTCAGGTTGAAGTAAAGAGCTTCCCAGCAGAACCCATAAGGCCAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057794466.1
MDPEVVIASSPTDAGISCWDLRTGAEHLRYRSCASPLHGLTSVAGRFLASAQVRDAKSSTSGSILYWSWNKPQVEVKSFPAEPIRPIACNSQGTYIAGGGISGDIYFWEVASGKLLKKWHAHYRAVSCLAFNDDQSLLISGAEDGCVRVWSLFLIFDAARREETRNLFEYSFHEHSLRVTDVKTGYGGCNAIVVSASEDRTCKVWSLSRGKLLRNIVFPAVIDAISLDPGEHVFYAGGRDGKIYIAALNAPVTHNSNYGP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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