Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003879`

染色体: Chr02 坐标: 60859063-60860480 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003879`
名称	SmilChr02G003879
描述	transcription factor HEC1-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	60859063 - 60860480 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010823`
GeneID	`131010823`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010823`
原始查询	`LOC131010823`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription factor HEC1-like
产物	transcription factor HEC1-like
Arabidopsis	`AT5G67060` (HEC1) basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836841] identity=54.1; qcov=0.946; evalue=1.02e-46; confidence=medium
Rice	`Os09g0455300` (OsbHLH120) - identity=89.9; qcov=0.434; evalue=2.1e-40; confidence=low
GO	GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG	-
Pfam	PF00010 (HLH); PF23173 (bHLH_SAC51)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010823

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057794467.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057794467.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057794467.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057794467.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057794467.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:60859859`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B131
`Chr2:60859950`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B136,B95,D3
`Chr2:60859994`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B118
`Chr2:60860003`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A7
`Chr2:60860105`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B91,C87,D2
`Chr2:60860198`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A21,B104
`Chr2:60860257`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794467.1

205 aa

102

205

HLH

bHLH_SAC51

PF00010 HLH 118-159 aa PF23173 bHLH_SAC51 120-161 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794467.1`	Pfam	`PF00010`	HLH	Domain	118	159	1.9e-07	31.5	Helix-loop-helix DNA-binding domain
`XP_057794467.1`	Pfam	`PF23173`	bHLH_SAC51	Domain	120	161	3.1e-12	46.9	Transcription factor SAC51 bHLH domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938484.1
AATAAAAAAATGTCAAGATTTTTTTGTTTTACCCTTGTCATAAATATACAAGCTCTTTACTTTTTTTCTATTCAATAATTAGGGATAAAGAAAAAGTAAAATTGTTCACTTCCTTGAGATGTGTTTTGATGACTAAGGAGATTTATTTAGGGACAGAGCAAGTAGTAGAAATTGCATTGAGGACAAGGGTTAAATGATAAGTTTAACATAATTTTATTATGATAGTCTGAAATGAAACACTTATTTCAGGAATAAGATTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010823
ATGGACATCGGCTTCATGAAATCCGACCAAATTGAAATGATGCTGATGCAGATGGACAAGCTCCCAGATTTCAGCGCCGCCTTCGACGACGACGACAGCGACGACAATCCGAATATAACCGGGAACAACAACAACAACGTCGATGCTTTCGAGAATTTCAACGTTCAATCGCCGCCGGCGTGTGACGGCTTCCACGGCCAACAAGATCCGCCGGCGGCGAGCTCAATGGCGGCGATGAGGGAGATGATATTCCGGATTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057794467.1
MDIGFMKSDQIEMMLMQMDKLPDFSAAFDDDDSDDNPNITGNNNNNVDAFENFNVQSPPACDGFHGQQDPPAASSMAAMREMIFRIAAMQPVHIDPESVKRPKRKNVRISTDPQSVAARHRRERISERIRILQRLVPGGTKMDTASMLDEAIHYVKFLKSQVQSLERVAAARPEPPGVGFPVPMSSGSYFPPPPPAAKGYHNVRY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器