Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003884`

染色体: Chr02 坐标: 60908928-60913968 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003884`
名称	SmilChr02G003884
描述	protein DCL, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	60908928 - 60913968 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010827`
GeneID	`131010827`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010827`
原始查询	`LOC131010827`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein DCL, chloroplastic
产物	protein DCL%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT1G45230` (AT1G45230) DCL protein (DUF3223) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841096] identity=54.4; qcov=1.01; evalue=3.7e-76; confidence=high
Rice	`Os02g0766000` (P0539D10.35-1) - identity=79.4; qcov=0.455; evalue=6.93e-59; confidence=medium
GO	GO:0009507 (chloroplast); GO:0009658 (chloroplast organization); GO:1901259 (chloroplast rRNA processing)
KEGG	-
Pfam	PF11523 (DUF3223)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010827

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057794475.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.60000	`XP_057794475.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057794475.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057794475.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057794475.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:60913487`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr2:60913644`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B26,C13,C17

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794475.1

224 aa

112

224

DUF3223

PF11523 DUF3223 121-197 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794475.1`	Pfam	`PF11523`	DUF3223	Family	121	197	9.3e-29	100.5	Protein of unknown function (DUF3223)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938492.1
ATAAATATTGCATTTTGTGGGGTAACATGTGACATTTTGACATTTTCTATCTTCTCCTATTCATCTGCTAAACCAATTTTGGACTGAACAAAATTCGCCAAAAGCAGTCGACGAAATGATAGTTTTTCGCGAATTGGAAGTATAATTCAGTCGATAAACCGTATAAATACTGCATCGCAGTCTTAGTTAGATTGTCATGGCGTCTTCAATTGCATCTTCAAGTTCAGCTACTATATATTCATTCCACAGAAAACCCATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010827
ATGGCGTCTTCAATTGCATCTTCAAGTTCAGCTACTATATATTCATTCCACAGAAAACCCATTTCGCACAACCTAATTTTATCCTCATTTTCCGTATCTTTCCCACTTCGCAAAACTCGATTGCGCGCCGTGAAGACCGGCTCGGATGGCGGCGGCGCGGTCGGGAGCAGCCAGGAACGCGGGGCGGACCTGTTGAGGAAGCCAGTGGCGCCGTCGCCCGCCGCCAACGACGAGGAGGAGTCGGCGGCGGAGGAGTATTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057794475.1
MASSIASSSSATIYSFHRKPISHNLILSSFSVSFPLRKTRLRAVKTGSDGGGAVGSSQERGADLLRKPVAPSPAANDEEESAAEEYSDDDGGEAKGGDGDTWVDWEDQILEDTVPLVGFVRMILHSGKYECGDRLSPEHERTILERVLPYHPAYEEKIGSGVDYITIGYHPTFGSSRCLFIVRNDGELVDFSYWKCIKGLIRKNYPLYADSFILRHFRRRRRND

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器