Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003891

染色体: Chr02 坐标: 60999286-61002831 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003891
名称SmilChr02G003891
描述uncharacterized SmilChr02G003891
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向60999286 - 61002831 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010833
GeneID131010833
locus_tag-
NCBI NameLOC131010833
原始查询LOC131010833

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述OsSTA34; symbol=OsSTA34; hit=Os01g0772400; species=rice; confidence=high
产物OsSTA34; symbol=OsSTA34; hit=Os01g0772400; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT4G17650 (AT4G17650)
Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827485]
identity=54.8; qcov=1.05; evalue=7.67e-90; confidence=high
RiceOs01g0772400 (OsSTA34)
-
identity=76.3; qcov=0.692; evalue=4.03e-100; confidence=high
GOGO:0006744 (ubiquinone biosynthetic process); GO:0045333 (cellular respiration); GO:0048039 (ubiquinone binding)
KEGG-
PfamPF03364 (Polyketide_cyc)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010833

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057794482.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794482.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794482.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794482.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057794482.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:60999788 T TTG 2bp_insertion frameshift_variant 2 C13,C5
Chr2:60999788 T TTG 2bp_insertion CDS_variant 2 C13,C5
Chr2:60999816 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C13
Chr2:60999816 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 C13
Chr2:61000090 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B120,B18,B22
Chr2:61000112 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794482.1
250 aa
N
1
125
250
Polyketide_cyc
C
PF03364 Polyketide_cyc 100-227 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794482.1 Pfam PF03364 Polyketide_cyc Family 100 227 2e-23 83.7 Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938499.1
CACCGTTCATAAAAACCCCTATTTTGAGAAAATCTTATTTTAATTTTTAGTTGTATTACAAAACAAGAAATTGCAACAGACCATAATTTACAAAAAAAATTCAATTACAATTTGCAAATCAGCCCTAATTTTAGCCCCAATTCGCAACAGAATCGTATCTCGAGATCACATCAGGCAAATTCGATAGGGTTCCAATCGCACAAACAGATAAACTCCTAATCGATTTCTGATCAAATGCCTCCGTTCAATTCCGCACCGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010833
ATGCCTCCGTTCAATTCCGCACCGAGGGCGCTCGCCCGATTGGTGGCTCTCCGGAATCCATTGCGGCAGCGGACGAGAGACTTTCCTAGCTACAACCAGATTCGGCGTTCGAGGAACATCGCCGGAAATAATGCGTTTTCTTCGGTGGAAAATGGGCGTTACGGGAATTGCAATTCGCTAGGCTGTGCAAATTTATCGCATATTAGTAGTATTGTTCACCAAAAGAGAGGGTTTCTGGGATGCGGTGATGGCGAAGAGGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794482.1
MPPFNSAPRALARLVALRNPLRQRTRDFPSYNQIRRSRNIAGNNAFSSVENGRYGNCNSLGCANLSHISSIVHQKRGFLGCGDGEEGSMLSKVHQERHVMGYSPEQLFNVVAAVDMYEDFLPWCQRSQIICQNPDGSFDAELEIGFKFLVESYTSHVQLTKPKSIKTTSSQTSLFDHLINVWEFSPGPVPGSCNLYFMVDFKFQSPFYRQIANMFFKEVVSRLVSSFNDRCRQIYGPGVQVLENSYEHRT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器