当前解析结果
SmilChr02G003891| 统一新 Gene ID | SmilChr02G003891 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G003891 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G003891 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 60999286 - 61002831 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131010833 |
|---|---|
| GeneID | 131010833 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131010833 |
| 原始查询 | LOC131010833 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | OsSTA34; symbol=OsSTA34; hit=Os01g0772400; species=rice; confidence=high |
| 产物 | OsSTA34; symbol=OsSTA34; hit=Os01g0772400; species=rice; confidence=high |
| Arabidopsis | AT4G17650 (AT4G17650)Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827485] identity=54.8; qcov=1.05; evalue=7.67e-90; confidence=high |
| Rice | Os01g0772400 (OsSTA34)- identity=76.3; qcov=0.692; evalue=4.03e-100; confidence=high |
| GO | GO:0006744 (ubiquinone biosynthetic process); GO:0045333 (cellular respiration); GO:0048039 (ubiquinone binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03364 (Polyketide_cyc) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131010833 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057794482.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057794482.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057794482.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057794482.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057794482.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:60999788 |
T |
TTG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 2 | C13,C5 |
Chr2:60999788 |
T |
TTG |
2bp_insertion | CDS_variant | 2 | C13,C5 |
Chr2:60999816 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C13 |
Chr2:60999816 |
TA |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C13 |
Chr2:61000090 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B120,B18,B22 |
Chr2:61000112 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057794482.1PF03364
Polyketide_cyc 100-227 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057794482.1 |
Pfam | PF03364 |
Polyketide_cyc | Family | 100 | 227 | 2e-23 | 83.7 | Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。