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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003914

染色体: Chr02 坐标: 61234002-61235262 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003914
名称SmilChr02G003914
描述BRI1 kinase inhibitor 1
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向61234002 - 61235262 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010855
GeneID131010855
locus_tag-
NCBI NameLOC131010855
原始查询LOC131010855

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述BRI1 kinase inhibitor 1
产物BRI1 kinase inhibitor 1
ArabidopsisAT5G42750 (BKI1)
BRI1 kinase inhibitor 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834284]
identity=40.7; qcov=1.17; evalue=2.64e-31; confidence=medium
RiceOs09g0459500 (BIP119)
-
identity=59.6; qcov=0.174; evalue=3.67e-11; confidence=weak
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0019210 (kinase inhibitor activity)
KEGGsmil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF30362 (MAKR5_C); PF30743 (BKI1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010855

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057794516.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057794516.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057794516.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794516.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794516.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:61234133 CAG C 2bp_deletion frameshift_variant 2 B29,B35
Chr2:61234133 CAG C 2bp_deletion CDS_variant 2 B29,B35
Chr2:61234136 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 2 B29,B35
Chr2:61234136 C CA 1bp_insertion CDS_variant 2 B29,B35
Chr2:61234144 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B29,B35,B96
Chr2:61234185 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B96
Chr2:61234219 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B61
Chr2:61234222 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B96,C5
Chr2:61234228 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B124,B61,B75
Chr2:61234234 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:61234243 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B34
Chr2:61234251 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B96,C5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794516.1
298 aa
N
1
149
298
BKI1
MAKR5_C
C
PF30743 BKI1 31-295 aa PF30362 MAKR5_C 149-290 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794516.1 Pfam PF30743 BKI1 Family 31 295 6.7e-104 347.9 BRI1 kinase inhibitor 1
XP_057794516.1 Pfam PF30362 MAKR5_C Domain 149 290 1.7e-08 35.2 Membrane-associated kinase regulator 5 helix

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938533.1
ACATCCACCACATGCCCCTTGCCGAAATATGCCAAGCTCATATATATAATTGCTACACTTTCATGCATAACACAGTTTTAGCCAAGACTTTATATTTTAGAGAAGACAATCCCCACCCCCACCCCCACCCCCCCACCCCCTCAAAAAAGAGAAAAAAGAAAACTCCATTTCTTGCAAATTATCCTTATCTTTCTAAAATAATTTGGCAGCCTTCAATTTTGTTGGGTCTTAAAATCAACAAGAAAAAAACTACAGTATCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010855
ATGGAAGCACAGCATCAAATGCTGAGGATTAATGAAGCAGACGTACAACCAACAAAGCACCAAGTACAGCTCGCCGGCGCCGCCTCGCCGCCACCGTCGGCTTCGTCGTCTCCTTCGCATGAATTCTCCTTCACCATCTCCCTCCACCCGCCGAAATCCGAGAGCAATAATAAATCCTGTCCTCCGCCGTTCGCGGCGGGCGCCATCGACCTATCTCCGGCCGACGAGATCTTCTTCCACGGGCACCTCCTCCCCCTCCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794516.1
MEAQHQMLRINEADVQPTKHQVQLAGAASPPPSASSSPSHEFSFTISLHPPKSESNNKSCPPPFAAGAIDLSPADEIFFHGHLLPLHLLSHLPASPRSSTNSLDSFTLPIKELLSVDENNSNNDEDDGNNGGESRHVSEGKGRGKSKSFSLFAMPKWRKEREEEEDHEHSTSAQKQRKSRFELLKRYVRFVKPFLSLRGRGQGSSGDFLRQQPYSYSGNLRVREKKSAMRGRRGEFSAPASMRTSPANSGLLVASGATTP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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