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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003922

染色体: Chr02 坐标: 61292096-61295382 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003922
名称SmilChr02G003922
描述uncharacterized SmilChr02G003922
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向61292096 - 61295382 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010864
GeneID131010864
locus_tag-
NCBI NameLOC131010864
原始查询LOC131010864

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os02g0761500; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os02g0761500; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis-
-
RiceOs02g0761500
-
identity=40.1; qcov=0.874; evalue=2.78e-27; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010864

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057794531.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794531.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794531.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794531.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057794531.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:61292381 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B63
Chr2:61292412 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 2 B118,C16
Chr2:61292412 GT G 1bp_deletion CDS_variant 2 B118,C16
Chr2:61292427 GAT G 2bp_deletion frameshift_variant 99 A1,A10,A14,A15,A18,A19,A22,A25,A4,A6,B1,B10,B104,B106,B109,B119,B120,B123,B126,B130,B131,B133,B134,B135,B137,B140,B18,B2,B22,B23,B27,B29,B30,B34,B35,B36,B38,B39,B48,B49,B51,B54,B55,B6,B63,B66,B69,B72,B73,B74,B77,B8,B80,B83,B87,B88,B9,B98,B99,C1,C12,C13,C15,C17,C19,C22,C23,C26,C28,C29,C30,C34,C36,C37,C38,C39,C41,C44,C46,C47,C52,C59,C6,C60,C61,C64,C66,C67,C72,C77,C79,C82,C83,C84,C85,C86,C87,D7,D9
Chr2:61293463 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B63
Chr2:61293465 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XR_009096685.1
CTTGTTTGGATAAATTCATATGAATGGAGAGGAATAATTAGAGTGATAAAGCATAGCGGTCCAATCAATGATGAAATGGTGAGCTTCTGCAACTGCAAATGATACTATGAGTTATCATCGTCAACTGATAATCAAAGCTTCAGCTTCACGGGGAGGTCGGGAGCAATCGAGATATAACATGAGCTACGGAGAAGAAAATCATCCATGGAGCGCATTTGACGGTGTTAAGACTATATCCGTTGCTCCCGAGGCTCTCATGG...
XR_009096684.1
CTTGTTTGGATAAATTCATATGAATGGAGAGGAATAATTAGAGTGATAAAGCATAGCGGTCCAATCAATGATGAAATGGTGAGCTTCTGCAACTGCAAATGATACTATGAGTTATCATCGTCAACTGATAATCAAAGCTTCAGCTTCACGGGGAGGTCGGGAGCAATCGAGATATAACATGAGCTACGGAGAAGAAAATCATCCATGGAGCGCATTTGACGGTGTTAAGACTATATCCGTTGCTCCCGAGGCTCTCATGG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131010864
ATGAGTTATCATCGTCAACTGATAATCAAAGCTTCAGCTTCACGGGGAGGTCGGGAGCAATCGAGATATAACATGAGCTACGGAGAAGAAAATCATCCATGGAGCGCATTTGACGGTGTTAAGACTATATCCGTTGCTCCCGAGGCTCTCATGGTTGAGATTAACTCCGCCATTGCTGCTCTCGAGTATGCTCGTGCTGCGATCTTCTCACAATCTCCTGATCCTGCTCCAAAGGCCAAAACCCCTAATAAAAAACCAGC...
LOC131010864
ATGCCGCATGAAATTCTGAAAGATAAAATCAATTTGTGGAGAGAGAGAGAGATAGTTGATTTTGTGATTATATATTCTAAAAAAGGTCGGGAGCAATCGAGATATAACATGAGCTACGGAGAAGAAAATCATCCATGGAGCGCATTTGACGGTGTTAAGACTATATCCGTTGCTCCCGAGGCTCTCATGGTTGAGATTAACTCCGCCATTGCTGCTCTCGAGTATGCTCGTGCTGCGATCTTCTCACAATCTCCTGATCC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057794531.1
MPHEILKDKINLWREREIVDFVIIYSKKGREQSRYNMSYGEENHPWSAFDGVKTISVAPEALMVEINSAIAALEYARAAIFSQSPDPAPKAKTPNKKPASSSDAQIADEAYKAGLASMSAGRVDEAIISLNIALSKCPPEKTSAVAKIQSLISVASQRHKSSN
XP_057794532.1
MSYHRQLIIKASASRGGREQSRYNMSYGEENHPWSAFDGVKTISVAPEALMVEINSAIAALEYARAAIFSQSPDPAPKAKTPNKKPASSSDAQIADEAYKAGLASMSAGRVDEAIISLNIALSKCPPEKTSAVAKIQSLISVASQRHKSSN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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