Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003986`

染色体: Chr02 坐标: 62108959-62116390 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003986`
名称	SmilChr02G003986
描述	helicase sen1-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	62108959 - 62116390 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010865`
GeneID	`131010865`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010865`
原始查询	`LOC131010865`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	helicase sen1-like
产物	helicase sen1-like
Arabidopsis	`AT4G30100` (AT4G30100) P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829133] identity=63.1; qcov=0.984; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os10g0118900` - identity=72.6; qcov=0.119; evalue=2.47e-72; confidence=weak
GO	GO:0004386 (helicase activity)
KEGG	-
Pfam	PF13086 (AAA_11); PF13087 (AAA_12)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010865

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057794533.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057794533.1`
3	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057794533.1`
4	P-body	P-body	0.20000	`XP_057794533.1`
5	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.20000	`XP_057794534.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:62110086`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B100
`Chr2:62110089`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C71
`Chr2:62110275`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B11,B128,C41
`Chr2:62110578`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B56,B96
`Chr2:62110726`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B100
`Chr2:62111056`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B107,B140
`Chr2:62111105`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A6,B40
`Chr2:62111332`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B95,C14
`Chr2:62112019`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B100
`Chr2:62112233`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C1
`Chr2:62112252`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A9,B37,D7
`Chr2:62112523`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B107,B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794533.1

1312 aa

656

1312

AAA_11

AAA_12

PF13086 AAA_11 667-1012 aa PF13087 AAA_12 1019-1215 aa

XP_057794534.1

1222 aa

611

1222

AAA_11

AAA_12

PF13086 AAA_11 577-922 aa PF13087 AAA_12 929-1125 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794533.1`	Pfam	`PF13086`	AAA_11	Domain	667	1012	1.1e-58	199.8	AAA domain
`XP_057794533.1`	Pfam	`PF13087`	AAA_12	Domain	1019	1215	2e-60	204.4	AAA domain
`XP_057794534.1`	Pfam	`PF13086`	AAA_11	Domain	577	922	9.3e-59	200.0	AAA domain
`XP_057794534.1`	Pfam	`PF13087`	AAA_12	Domain	929	1125	1.8e-60	204.6	AAA domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA

XR_009096686.1
GATCTTCAATTCGCATTCTCTCACACTCGACGTATGTTATATATATACGACTATACATACAACGCCAACTGACATAACTTCACTCAACAAGAGTATTGCTAGCTCGATCATTTAATTTTGATTCAATAATTGTTCCTCTCTCTATATTTGGTGCAGTTTGAGAGGTGCTTTTGTTGTTTATTTGGACATTCCAGAAGTCTTGAGTATTTATGCTGGGTACCTCTTTGGTTGGCATGTTGTATTCTTTACTACTAGAATTT...

XR_009096687.1
TCTTCAATTCGCATTCTCTCACACTCGACGTATGTTATATATATACGACTATACATACAACGCCAACTGACATAACTTCACTCAACAAGAGTATTGCTAGCTCGATCATTTAATTTTGATTCAATAATTGTTCCTCTCTCTATATTTGGTGCAGTTTGAGCCTCAGGAGGCTATTCCATCCTCTAGTATTGCAAAAACAGACTTATTCGTGGCATCAGCAGGCCCCCAAGGGATATTAAATAATCATTCTTTTGCACATG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131010865
ATGGGCTCAAAAGGAAGACTTGTAGTTGATCTTAATGAACCGACCACTGAAAATGAAGATGATATTGACGGTGTTGTCTACTTCCAGCCTCAGGAGGCTATTCCATCCTCTAGTATTGCAAAAACAGACTTATTCGTGGCATCAGCAGGCCCCCAAGGGATATTAAATAATCATTCTTTTGCACATGCTTCTTCTGTTTCTGGTTTCCAGCCTCTCCTCCGTACTAAACCTGCTCAGGGATCTGTTGCATCTGCTCAAAA...

LOC131010865
ATGGAAATTTATTCCAGCATTGCCTCATCATCGATAAAGATTAATGGCCAGGGTGTAAATGCTGCTCCAGACCTTCCTGTTGGTGCTCAGGATTCTGAGAAAGAAGAGGGTGAATGGTCTGATGCAGAGGGCTCGGCTAATGCTTCAAGTGGTGCAAGTAATAAACATGTGCAGGAGAGAGGCCAAGTTGCATTGATGGAAAATAGTGCACGTCCAGAGAGGGTGGTGAGTATTGCACTTGATACTGACAATGTTAAGAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057794533.1
MGSKGRLVVDLNEPTTENEDDIDGVVYFQPQEAIPSSSIAKTDLFVASAGPQGILNNHSFAHASSVSGFQPLLRTKPAQGSVASAQNKGSMEIYSSIASSSIKINGQGVNAAPDLPVGAQDSEKEEGEWSDAEGSANASSGASNKHVQERGQVALMENSARPERVVSIALDTDNVKNGSISSVVLDPETTDKKINRSKDGEEDSASGRKARIFRGNEANHALRSVNNLGKRPKPDQRKEVMLGKKRGRQTMFLDLEDVKQ...

XP_057794534.1
MEIYSSIASSSIKINGQGVNAAPDLPVGAQDSEKEEGEWSDAEGSANASSGASNKHVQERGQVALMENSARPERVVSIALDTDNVKNGSISSVVLDPETTDKKINRSKDGEEDSASGRKARIFRGNEANHALRSVNNLGKRPKPDQRKEVMLGKKRGRQTMFLDLEDVKQVGALKASTPRKQIPAPALLRTVRETHSALPSADSGEKQTQPIIWDTEQGDLLTNGGKDFVESDDYKTESNENSNSGTPGPSAMLNSSIDL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器