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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003987

染色体: Chr02 坐标: 62125781-62129586 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003987
名称SmilChr02G003987
描述probable glucan 1,3-beta-glucosidase A
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向62125781 - 62129586 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010880
GeneID131010880
locus_tag-
NCBI NameLOC131010880
原始查询LOC131010880

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable glucan 1,3-beta-glucosidase A
产物probable glucan 1%2C3-beta-glucosidase A
Arabidopsis-
-
RiceOs10g0370500 (OJ1208D02.5)
-
identity=57.1; qcov=0.964; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004553 (hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0007163 (establishment or maintenance of cell polarity); GO:0015629 (actin cytoskeleton); GO:0016477 (cell migration); GO:0051015 (actin filament binding); GO:0051017 (actin filament bundle assembly); GO:0071704 (GO:0071704)
KEGG-
PfamPF00150 (Cellulase); PF25490 (DUF7910)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010880

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057794553.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794553.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794553.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794553.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057794553.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:62126091 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:62126162 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140
Chr2:62127275 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr2:62127541 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A10,B98
Chr2:62128831 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 1 B109
Chr2:62128831 G GC 1bp_insertion CDS_variant 1 B109
Chr2:62129021 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C17,C36
Chr2:62129402 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794553.1
503 aa
N
1
252
503
DUF7910
Cellulase
C
PF25490 DUF7910 54-195 aa PF00150 Cellulase 217-483 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794553.1 Pfam PF25490 DUF7910 Domain 54 195 6.8e-63 211.6 Domain of unknown function (DUF7910)
XP_057794553.1 Pfam PF00150 Cellulase Domain 217 483 6.4e-26 92.2 Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938570.1
GACGGCTACAATTGACCTGTCGGGAATCGGGATCCCCAACGGCTCTCTTTTATTTAATTTATTTCTTTTTTTTTTCTTTTCCCTCCACTTCCGCTCTCTATCTTGTCTTCTTTATCCTTCACCTTTTCAAGCCACTGTTTCTTTTTAACAGAATTACGAGACTAAATTAAAGCACATATTTTTATTTATTGGAATGCCAATTTTTCTCGATCCAATCAATTTGTAAAAAAGTTCATTTATTCGCGGAGCCTACCGAGGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010880
ATGAAGAGGCAGCAGACGCAGTTTGCAGCTGTTTTGAGCTTGCTCGCATGGCTTCTAGCGCAATGCGGCGGCCAACTTCTGCCGTTTAAAGCCGCGAATTTGGGCGGATGGCTCGTCACCGAAGGCTGGATGACGTCGTCGCTCTTCGACGGCATCCCCAATAAAGATCTGCTGGATGGAACTCAAGTGCATTTCAAGTCTGTCAGCCTCAACAAGTATCTATGTGCGGAAAATGGAGGAGGTTCAACACTGGTAGCCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794553.1
MKRQQTQFAAVLSLLAWLLAQCGGQLLPFKAANLGGWLVTEGWMTSSLFDGIPNKDLLDGTQVHFKSVSLNKYLCAENGGGSTLVANRRNPRSWETFRLWRINETTFNFRVSNKDFIGLSAEGEGIKVIARAAEPGPNETFIIVHNADNPSRVRIVASNNLYLQAETENSVMADYSGSRDEWGDEDPSVFEMHIIKTLQGEYQLTNGYGPNEAPKIMKNHWSTYIVEDDFRFMSQHGLNAVRIPVGWWIKYDPVPPKPFV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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