Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003951`

染色体: Chr02 坐标: 61675241-61679999 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003951`
名称	SmilChr02G003951
描述	uncharacterized SmilChr02G003951
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	61675241 - 61679999 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010882`
GeneID	`131010882`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010882`
原始查询	`LOC131010882`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840367]; symbol=AT1G34630; hit=AT1G34630; species=arabidopsis; confidence=high
产物	uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840367]; symbol=AT1G34630; hit=AT1G34630; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G34630` (AT1G34630) uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840367] identity=79.4; qcov=0.96; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0190900` (OJ1217B09.21) - identity=73.1; qcov=0.991; evalue=1.21e-166; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF15982 (TMEM135_C_rich)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010882

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	0.80000	`XP_057794561.1`
2	Mitochondrion membrane	线粒体膜	0.80000	`XP_057794562.1`
3	Peroxisome	过氧化物酶体	0.60000	`XP_057794561.1`
4	Peroxisome membrane	过氧化物酶体膜	0.60000	`XP_057794561.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057794561.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:61675658`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B40,C53,C78
`Chr2:61676148`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B107,B140
`Chr2:61678515`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C49
`Chr2:61678515`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C49
`Chr2:61678939`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B51

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794561.1

489 aa

244

489

TMEM135_C_rich

PF15982 TMEM135_C_rich 303-422 aa

XP_057794562.1

323 aa

162

323

TMEM135_C_rich

PF15982 TMEM135_C_rich 137-256 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794561.1`	Pfam	`PF15982`	TMEM135_C_rich	Domain	303	422	9.7e-07	30.2	N-terminal cysteine-rich region of Transmembrane protein 135
`XP_057794562.1`	Pfam	`PF15982`	TMEM135_C_rich	Domain	137	256	4e-07	31.4	N-terminal cysteine-rich region of Transmembrane protein 135

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938578.1
ATGTTCTAAAAAATTAATTAAAAAAGTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGAAAAAAGTTATTATTATTTTTTTCTTCATAAAAGCTAAAATCATATAAACCCTAAGCAGTTTTTTTTTTAATTTAATATAACGATCAACTGCCTAATCTACGTGTGACCCCCTCACTCGCCTTTCGATATTACCAATCTCTCTCTCTCTAACACTCCGGCGCCGAAGATGGTGGATTCCGGTGACGGAGGAGGGGAATACAGCTCACCCGATG...

XM_057938579.1
GTAGAAATGACTTCAGCTAGTGCAGATTTGATCATGGCTTTGAAAGAGACATTAAGATACGGACTGTTTCTTGGTACATTTGCAGGAACATTTGTATCTGTGGATGAAATTATTGCTGCTATGGGTGGTCACAGAAGCATTTTGGTTGTTGGAATTTCCTAATTATTTAGGACGGCAAAGTGGAGGGCTTTGCTGGCAGGTGCAGTAGCAGGGCCATCGATGCTGCTTACTGGGTTGAATACACAACATACAAGCTTGGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131010882
ATGGTGGATTCCGGTGACGGAGGAGGGGAATACAGCTCACCCGATGCGGTGGCGGATTGCACGTGTGGGTCCAACGATTGCGCCGAGTGCAGTAGGCGGCGATCGTCGAGCTCGAGCCTGCCATCATCTTCGTCGTCGTGCTCTCTGCTGAGCTTCGATTCCTATCCGGTTCAGGACTACGATAAGTCGTGGAGAGTCTACACAGCTTCCGTTAAAGGCTTCGCTATCGGCGCAGGACTCAAAGGCGGACTCGCCATTTT...

LOC131010882
ATGCTGCTTACTGGGTTGAATACACAACATACAAGCTTGGCAATTTACATCCTAATGCGTGCCACTGTTTTGGCTTCACGATGTGGGATAAAAAGCAAGAGATTTGGTCGTATATGTAAGCCTCTTACATGGGCACATGGAGATATTTTCCTTATGTGTCTCTCTTCTTCCCAGATTCTGTCAGCTTATATTCTGAAGCAAGATAGTTTGCCCCAATCTTATAAATCGTTTCTGAATAAGCATGGGGCAAAGGCACCTGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057794561.1
MVDSGDGGGEYSSPDAVADCTCGSNDCAECSRRRSSSSSLPSSSSSCSLLSFDSYPVQDYDKSWRVYTASVKGFAIGAGLKGGLAIFALLTRLRRRQLLPSSRKVEMTSASADLIMALKETLRYGLFLGTFAGTFVSVDEIIAAMGGHRRTAKWRALLAGAVAGPSMLLTGLNTQHTSLAIYILMRATVLASRCGIKSKRFGRICKPLTWAHGDIFLMCLSSSQILSAYILKQDSLPQSYKSFLNKHGAKAPVILNGVRD...

XP_057794562.1
MLLTGLNTQHTSLAIYILMRATVLASRCGIKSKRFGRICKPLTWAHGDIFLMCLSSSQILSAYILKQDSLPQSYKSFLNKHGAKAPVILNGVRDIACGLPFTNLDAIEKFYKSNGVDVKLDPQMKIPCSIIHANQACGSHFFSFLLQAYKRAVPVYLPVYLIPALIVHRQGLLKRPHTILWKGLLGTARSSLFLSMYCSSAWIWTCILFRILKRCNIPMVAMGTFPTGLALAIEKKSRRIEISLYCLARAIESFFTCMAD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器