当前解析结果
SmilChr01G004116| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004116 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004116 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G004116 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 59685003 - 59686383 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131010883 |
|---|---|
| GeneID | 131010883 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131010883 |
| 原始查询 | LOC131010883 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0106900; species=rice; confidence=medium |
| 产物 | hit=Os08g0106900; species=rice; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT5G41980 (AT5G41980)nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834203] identity=38.7; qcov=0.731; evalue=2.55e-70; confidence=medium |
| Rice | Os08g0106900- identity=43.5; qcov=0.766; evalue=4.35e-87; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01609 (DDE_Tnp_1); PF04827 (Plant_tran); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF26138 (DUF8040) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131010883 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057794567.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.80000 | XP_057794567.1 |
| 3 | Telomere | 端粒 | 0.40000 | XP_057794567.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057794567.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057794567.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:59685072 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B126,B28 |
Chr1:59685080 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B14,B48,B62,C43 |
Chr1:59685097 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B126,C15,C58 |
Chr1:59685111 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B53,C14 |
Chr1:59685111 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B53,C14 |
Chr1:59685120 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A7,B36,C16,C62 |
Chr1:59685132 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B11,B133,B57,C77 |
Chr1:59685142 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A25,B11,B47,B62 |
Chr1:59685163 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A20 |
Chr1:59685175 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C15,C8,D9 |
Chr1:59685178 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B11,B53 |
Chr1:59685199 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C85,D6 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057794567.1PF26138
DUF8040 71-161 aa
PF01609
DDE_Tnp_1 191-337 aa
PF13359
DDE_Tnp_4 197-358 aa
PF04827
Plant_tran 300-363 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057794567.1 |
Pfam | PF26138 |
DUF8040 | Domain | 71 | 161 | 2e-22 | 79.6 | Domain of unknown function (DUF8040) |
XP_057794567.1 |
Pfam | PF01609 |
DDE_Tnp_1 | Domain | 191 | 337 | 1.8e-11 | 44.9 | Transposase DDE domain |
XP_057794567.1 |
Pfam | PF13359 |
DDE_Tnp_4 | Domain | 197 | 358 | 1.7e-24 | 86.9 | DDE superfamily endonuclease |
XP_057794567.1 |
Pfam | PF04827 |
Plant_tran | Family | 300 | 363 | 7.9e-05 | 23.1 | Plant transposon protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。