Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003974

染色体: Chr02 坐标: 61976230-61981968 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003974
名称SmilChr02G003974
描述uncharacterized WD repeat-containing protein C2A9.03-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向61976230 - 61981968 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010886
GeneID131010886
locus_tag-
NCBI NameLOC131010886
原始查询LOC131010886

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844142]; symbol=AT1G78070; hit=AT1G78070; species=arabidopsis; confidence=high
产物Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844142]; symbol=AT1G78070; hit=AT1G78070; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G78070 (AT1G78070)
Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844142]
identity=73; qcov=1; evalue=2.35e-178; confidence=high
RiceOs03g0386000 (SRWD5)
-
identity=65.1; qcov=1.01; evalue=1.1e-152; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00400 (WD40)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010886

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057794566.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057794566.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794566.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794566.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057794566.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:61976554 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,A8,C17,C8
Chr2:61976555 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr2:61976575 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr2:61976587 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,B127,B24,B8
Chr2:61976647 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B8,B95,C71,D3
Chr2:61976702 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C36
Chr2:61976836 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,C14
Chr2:61977011 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B35,B40,B84
Chr2:61977208 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,B4,C57
Chr2:61977236 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,C14
Chr2:61977452 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr2:61977671 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794566.1
450 aa
N
1
225
450
WD40
C
PF00400 WD40 312-350 aa
XP_057794568.1
315 aa
N
1
158
315
WD40
C
PF00400 WD40 177-215 aa
XP_057794569.1
315 aa
N
1
158
315
WD40
C
PF00400 WD40 177-215 aa
XP_057794570.1
315 aa
N
1
158
315
WD40
C
PF00400 WD40 177-215 aa
XP_057794571.1
315 aa
N
1
158
315
WD40
C
PF00400 WD40 177-215 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794566.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 312 350 1.5e-13 51.3 WD domain, G-beta repeat
XP_057794568.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 177 215 2.1e-14 54.0 WD domain, G-beta repeat
XP_057794569.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 177 215 2.1e-14 54.0 WD domain, G-beta repeat
XP_057794570.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 177 215 2.1e-14 54.0 WD domain, G-beta repeat
XP_057794571.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 177 215 2.1e-14 54.0 WD domain, G-beta repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938583.1
AGTCGAACCTTCCGCCTATTATAAGAAGTGCGCGAGGACTCTCCGTTTCTCGCTACTCTGCAAACACGCACTCGCCATTTCTCTCTCTCCTTTCGCTCACTTTCTCCCTAATATTCGTCAAAAACAAATTCACGGCAATCTTAGCAGTCTACGAGCTCCAGAAGAGTCTCACTCAACTCGACTTATTCTGCCTCTGAAATTCCCATTTCTCAGTCTGCTGTTGTTCTCCTGCCCGTTTTATCGTCAAATTTTCGATTACG...
XM_057938585.1
AGGAGTGCAAAAAAGTGGAGAAAGGCCACAACTTCTACGATTTTCAGTTTAATACAAGGCTTGTCAAATCCACGATAGTCCATTTTCAGGTATAGATTGTCTCATCTGGTTTTGTTGTTTTAAATTCATACCGTGACTATGTGTTAGTTTTTTAACTTCCCTCCTGCAACTTTGTGTATCAGTTTTTACTTGAGCCAAGTGGATCCATTTGATTTGTTTTTTTCATTATTTTGATCTTTCATATCAACATACTTCCTTCT...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131010886
ATGGAGCAATTTCCTAACCACGAGCTCGAGTATGTTGTCGACGATTACTACGACATCACTGATTTCGAGGATGAAAACGACTCTCCGAGAATCGGAAGTAGATCCATGGATGATGACTCTGCTGACTCCGATTTTGAGGACGATTTTGAACTGAACAATCCAATGACTGATACATCGGCTTTAGAAGTCAAGAAAGGAAAGGATATTCAAGGAATTCCATGGGAAAGGCTCAATTTTACTAGAGAGGAGTACCGTGAATC...
LOC131010886
ATGCTGAGGAACCTGTTATGGGCAACTTCAAAGCATGATGTATATCTGACGCAAAATTACTCCGTGATGCACTGGTCATCCACACAGAGGAAGAGTAAAGAAGTAATTAATGTTGCTAAGCCTATTGTCCCAATCCTGAACTCCCCTGGATCTATGGCTCAGACTCTTTCAAGAGTTCAAATAAGCACCATGACCGTGAAGGACAACCTAATGGTGGCAGGTGGTTTCCAGGGAGAGGTTATGTGCAAGTATCTAAACCA...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057794566.1
MEQFPNHELEYVVDDYYDITDFEDENDSPRIGSRSMDDDSADSDFEDDFELNNPMTDTSALEVKKGKDIQGIPWERLNFTREEYRESRLKQYKNYESLSLCREDLEKECKKVEKGHNFYDFQFNTRLVKSTIVHFQLRNLLWATSKHDVYLTQNYSVMHWSSTQRKSKEVINVAKPIVPILNSPGSMAQTLSRVQISTMTVKDNLMVAGGFQGEVMCKYLNQPGVAFCTKVATDENAITNSVDVYHNTSGAMRVITANND...
XP_057794568.1
MLRNLLWATSKHDVYLTQNYSVMHWSSTQRKSKEVINVAKPIVPILNSPGSMAQTLSRVQISTMTVKDNLMVAGGFQGEVMCKYLNQPGVAFCTKVATDENAITNSVDVYHNTSGAMRVITANNDAQVRVLDGGNFSCLNRFTFPWSVNNISASPDGKLLAVLGDSPECLLADAQSGKVVSNLKGHLDYSFASAWHPDGNILATGNQDTTCRLWDVRNLSESVHVLKGRMGAIRAIRFTSDGRFMAMAEPADFVHVFDTR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器