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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G003944`

染色体: Chr02 坐标: 61589427-61591159 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G003944`
名称	SmilChr02G003944
描述	protein WHAT'S THIS FACTOR 1 homolog, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	61589427 - 61591159 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010887`
GeneID	`131010887`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010887`
原始查询	`LOC131010887`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein WHAT'S THIS FACTOR 1 homolog, chloroplastic
产物	protein WHAT'S THIS FACTOR 1 homolog%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT4G08940` (AT4G08940) Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826472] identity=66.1; qcov=0.975; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os09g0473400` - identity=50.6; qcov=0.836; evalue=1.22e-118; confidence=high
GO	GO:0003723 (RNA binding)
KEGG	-
Pfam	PF11955 (PORR)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010887

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057794572.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057794572.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057794572.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057794572.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057794572.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:61589654`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	8	A10,A22,A9,B11,B110,B89,C30,C54
`Chr2:61589761`	`ATC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	4	A9,B47,C30,C54
`Chr2:61589761`	`ATC`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	4	A9,B47,C30,C54
`Chr2:61589776`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	19	A22,B110,B113,B38,B53,B57,B70,B8,B9,C2,C24,C47,C55,C69,C72,C78,C82,D4,D7
`Chr2:61589789`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	5	A22,B110,B113,C78,D4
`Chr2:61589789`	`A`	`AG`	1bp_insertion	CDS_variant	5	A22,B110,B113,C78,D4
`Chr2:61589897`	`C`	`CG`	1bp_insertion	frameshift_variant	13	A11,A22,B11,B110,B22,B53,B76,B91,C21,C42,C56,C59,C77
`Chr2:61589965`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	5	B24,B5,B60,C56,C59
`Chr2:61589965`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B24,B5,B60,C56,C59
`Chr2:61589986`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B60
`Chr2:61590006`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B107,B118,B140,C71
`Chr2:61590741`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794572.1

402 aa

201

402

PORR

PF11955 PORR 68-388 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794572.1`	Pfam	`PF11955`	PORR	Family	68	388	5.6e-95	318.8	Plant organelle RNA recognition domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938589.1
TGCTCTCTTGTGCTTGGGTTCTTAGTTTTTCTTTTTTCCCCTTTTAATAAAATTTTAATTTAATAATATTTTATAGATTTTCCAATTTTCTTTTCTTTGTAGGAGTTTGTTATGTAAATTTCAATTTTCCACCATTTTCCTTGCAAGAACTTTGAACTTCACAGTCTAAAACCCCATTGCTGTCCTCTGCCGCTCTCCCGCCTTCGCCGCCGTCATGGCCCTTCTTCGCCTCCTCTCCAGGACCACCGCAATCCCCTCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010887
ATGGCCCTTCTTCGCCTCCTCTCCAGGACCACCGCAATCCCCTCCAAACCCCACCACATTCTCTCCTCCTCATCCGCCACCGCCGCCGCTTTCTTCTCCACCTCCTTCCTCATCACCAAAATCCCCAAAAAATTCAGGAAAAAACGCAAGAAAAAGGAAAGCCCTAGAACCAAATCGATCCAAACCCAGCCCAATCTCATTCCCCACTTCGAGAACATCCTCCACCGCGACGCCTATTTTCGATTCTTCACTAAAACCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057794572.1
MALLRLLSRTTAIPSKPHHILSSSSATAAAFFSTSFLITKIPKKFRKKRKKKESPRTKSIQTQPNLIPHFENILHRDAYFRFFTKTKEFLSKQREQVLLLDDAGKLHQQLGFPRGRKVLKSILRHPLIFQTYRHSDGKMWFGFSDLMDDLLREEREIEAKSELQRVDVVRKLLMMSVNKRIPLSKIYHNRLLFGISEDFRDKIANYPNYFRVTVEDDGKRILELVNWDDSLAVSALEKEFMADEEKVKKAFRFPVKHGRK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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