当前解析结果
SmilChr02G003953| 统一新 Gene ID | SmilChr02G003953 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G003953 |
| 描述 | annexin Gh1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 61686808 - 61689207 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131010902 |
|---|---|
| GeneID | 131010902 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131010902 |
| 原始查询 | LOC131010902 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | annexin Gh1-like |
| 产物 | annexin Gh1-like |
| Arabidopsis | AT5G65020 (ANNAT2)annexin 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836626] identity=67.8; qcov=0.994; evalue=5.36e-159; confidence=high |
| Rice | Os06g0221200 (OsANN5)- identity=63.2; qcov=0.997; evalue=1.35e-142; confidence=high |
| GO | GO:0005509 (calcium ion binding); GO:0005544 (calcium-dependent phospholipid binding); GO:0005737 (cytoplasm) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00191 (Annexin) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131010902 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.80000 | XP_057794587.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057794587.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057794587.1 |
| 4 | Cell projection | 细胞突起 | 0.20000 | XP_057794587.1 |
| 5 | Ruffle | Ruffle | 0.20000 | XP_057794587.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:61687040 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B40,C53,C78 |
Chr2:61688194 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B107,B140 |
Chr2:61688226 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B82 |
Chr2:61688287 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B107,B140 |
Chr2:61688311 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A2 |
Chr2:61688459 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A2 |
Chr2:61688460 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr2:61688563 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B40,C53,C78 |
Chr2:61688763 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C15 |
Chr2:61688882 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B139,B40,C86,D6 |
Chr2:61688959 |
G |
GCC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | D11 |
Chr2:61688959 |
G |
GCC |
2bp_insertion | CDS_variant | 1 | D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057794587.1PF00191
Annexin 16-79 aa
PF00191
Annexin 87-152 aa
PF00191
Annexin 171-228 aa
PF00191
Annexin 245-310 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057794587.1 |
Pfam | PF00191 |
Annexin | Domain | 16 | 79 | 1.1e-73 | 243.9 | Annexin |
XP_057794587.1 |
Pfam | PF00191 |
Annexin | Domain | 87 | 152 | 1.1e-73 | 243.9 | Annexin |
XP_057794587.1 |
Pfam | PF00191 |
Annexin | Domain | 171 | 228 | 1.1e-73 | 243.9 | Annexin |
XP_057794587.1 |
Pfam | PF00191 |
Annexin | Domain | 245 | 310 | 1.1e-73 | 243.9 | Annexin |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。