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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G003953

染色体: Chr02 坐标: 61686808-61689207 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G003953
名称SmilChr02G003953
描述annexin Gh1-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向61686808 - 61689207 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010902
GeneID131010902
locus_tag-
NCBI NameLOC131010902
原始查询LOC131010902

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述annexin Gh1-like
产物annexin Gh1-like
ArabidopsisAT5G65020 (ANNAT2)
annexin 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836626]
identity=67.8; qcov=0.994; evalue=5.36e-159; confidence=high
RiceOs06g0221200 (OsANN5)
-
identity=63.2; qcov=0.997; evalue=1.35e-142; confidence=high
GOGO:0005509 (calcium ion binding); GO:0005544 (calcium-dependent phospholipid binding); GO:0005737 (cytoplasm)
KEGG-
PfamPF00191 (Annexin)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010902

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057794587.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057794587.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057794587.1
4 Cell projection 细胞突起 0.20000 XP_057794587.1
5 Ruffle Ruffle 0.20000 XP_057794587.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:61687040 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B40,C53,C78
Chr2:61688194 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140
Chr2:61688226 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr2:61688287 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140
Chr2:61688311 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2
Chr2:61688459 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2
Chr2:61688460 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:61688563 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B40,C53,C78
Chr2:61688763 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr2:61688882 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B139,B40,C86,D6
Chr2:61688959 G GCC 2bp_insertion frameshift_variant 1 D11
Chr2:61688959 G GCC 2bp_insertion CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794587.1
316 aa
N
1
158
316
Annexin
Annexin
Annexin
Annexin
C
PF00191 Annexin 16-79 aa PF00191 Annexin 87-152 aa PF00191 Annexin 171-228 aa PF00191 Annexin 245-310 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794587.1 Pfam PF00191 Annexin Domain 16 79 1.1e-73 243.9 Annexin
XP_057794587.1 Pfam PF00191 Annexin Domain 87 152 1.1e-73 243.9 Annexin
XP_057794587.1 Pfam PF00191 Annexin Domain 171 228 1.1e-73 243.9 Annexin
XP_057794587.1 Pfam PF00191 Annexin Domain 245 310 1.1e-73 243.9 Annexin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938604.1
GAGACATTTGTAATAGGAAGAATGAAGTATAAATTATTGCCCACTAGGACGCTAATTCGGATGTGGAAGATTACTTTCTTTATCGAATCCCAAGGATCCTTTGCTATTCTTGTTACAAAAAAGGCAAAAGCAAGAATTATATAAACCGACGCGCTTTCTCTGTCTTCGGACAAGCCAAAAATTCACTCTCACTCCCAAACATGTCTACTCTCTGCGTTCCATCTCAAGTCCCCCCTGTTGCCGAAGACTGTGAGCAGCTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010902
ATGTCTACTCTCTGCGTTCCATCTCAAGTCCCCCCTGTTGCCGAAGACTGTGAGCAGCTGCACAAGGCATTCTCAGGATGGGGAACCAACGAGGACTTGATCATATCGATTTTGGGCCGTCGAAATGCCAGCCAGCGGAAGCTGATCAGACATTGCTATGCCGAAACTTATGGTGAAGATCTGCTCAAAGCCTTGGACAAGGAGCTCTCGAGTGACTTTGAGAGAGTTGTGTTGGTGATGGCACTGGACCCTCCAGAGCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794587.1
MSTLCVPSQVPPVAEDCEQLHKAFSGWGTNEDLIISILGRRNASQRKLIRHCYAETYGEDLLKALDKELSSDFERVVLVMALDPPERDAYLANEATKKWTASNQILVEIACTRSPKEMILAREAYHARFKKSLEEDVAYHTTGDFRKLLVPLVSSYRYSGDDVNLHLAKSEAKILHEKIAAKEYSCDDVIRILTTRSKAQINATLNQYKNEFGNEINKDLKADPKDEFLALVRATVKCLVFPEKYFEKVLRLAINKLGTD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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