Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004163`

染色体: Chr01 坐标: 60127056-60131519 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004163`
名称	SmilChr01G004163
描述	uncharacterized SmilChr01G004163
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	60127056 - 60131519 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010954`
GeneID	`131010954`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010954`
原始查询	`LOC131010954`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0208400; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os08g0208400; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os08g0208400` - identity=33.1; qcov=0.587; evalue=8.2e-77; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF02992 (Transposase_21); PF03004 (Transposase_24); PF13963 (Transpos_assoc)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010954

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057794648.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057794648.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057794648.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057794648.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057794648.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:60130575`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C21
`Chr1:60130591`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B130
`Chr1:60130685`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B8
`Chr1:60130696`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B64,B8
`Chr1:60130700`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B139
`Chr1:60130885`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B94
`Chr1:60130895`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B33,C58,C59
`Chr1:60130938`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C52
`Chr1:60131343`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794648.1

835 aa

418

835

Transpos_assoc

Transposase_21

Transposase_24

PF13963 Transpos_assoc 5-81 aa PF02992 Transposase_21 291-467 aa PF03004 Transposase_24 632-758 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794648.1`	Pfam	`PF13963`	Transpos_assoc	Domain	5	81	1.1e-19	71.1	Transposase-associated domain
`XP_057794648.1`	Pfam	`PF02992`	Transposase_21	Family	291	467	1.7e-72	243.8	Transposase family tnp2
`XP_057794648.1`	Pfam	`PF03004`	Transposase_24	Family	632	758	9.3e-11	42.8	Plant transposase (Ptta/En/Spm family)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938665.1
GGCGGCTTTCCGACGGCGGTGCTGCCGACCCGTATTTTTTGAATATATGGCGATGATACCGGCGGCAAAGTCACCGCCGGTGATCACCGGCGGCAACGCGGCCGGTAAATATTAAGGCCGCCGGGAATTTTATTTTTTAATTTTTTTTTATTATATTTAGCAGATAGCGGCGGCAGCTGCCGCCGGTGATTAGCGGCGGTAATTTGCCGCCGGTAAAAATAGTGCGGGTCGGGCTTTAGCGGCGGTAATGGGCCGCCGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010954
ATGAGTGATAATCGATCGTGGATGTACGCGAGATACAATGATCGTGCTGCATTTGAAACGGGACTTGAGAGTTTCCTCGAGTTTGCGATAAATCAAACAGCGTATACAGATGGAATTGGTAACATTAGGTGCCCGTGTAGGAAGTGTAAGAATAAAGTCTTTGCATCTGTACCTACAGTCAGAGAACATGTTACTAGGCGTGGATTTGTCCACAATTACACGAACTGGTGTTATCAAGGGGAAGCACCAGTGTATATGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057794648.1
MSDNRSWMYARYNDRAAFETGLESFLEFAINQTAYTDGIGNIRCPCRKCKNKVFASVPTVREHVTRRGFVHNYTNWCYQGEAPVYMPAEHTIMDEDDGSYSNYQRMVHDHAGPSNYQDPPNLEEPPNPDAQQIYDMLNAADSPLYPDCDTYSQLSWMTQMMSIKVENHMSERCFNQISEMVQKALPKDNNCPDSFYSTKRNLRGLGLPVEKIDCCVNNCMLYWGDDSELESCNFCGASRYKENLRASGSRRKKRVAAKQM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器