当前解析结果
SmilChr02G004023| 统一新 Gene ID | SmilChr02G004023 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G004023 |
| 描述 | embryogenesis-like protein |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 62518392 - 62519109 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131010955 |
|---|---|
| GeneID | 131010955 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131010955 |
| 原始查询 | LOC131010955 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | embryogenesis-like protein |
| 产物 | embryogenesis-like protein |
| Arabidopsis | AT1G71730 (AT1G71730)uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843503] identity=60.7; qcov=0.732; evalue=3.89e-40; confidence=medium |
| Rice | Os05g0182000- identity=64.5; qcov=0.608; evalue=2e-26; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF27980 (EML_helical) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131010955 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057794647.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057794647.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057794647.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057794647.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057794647.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:62518548 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A8 |
Chr2:62518659 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B81 |
Chr2:62518680 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B107,B140 |
Chr2:62518706 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A8 |
Chr2:62518710 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A8 |
Chr2:62518722 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A8 |
Chr2:62518741 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A8 |
Chr2:62518748 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A8 |
Chr2:62518794 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,B55 |
Chr2:62518826 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B65 |
Chr2:62518923 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,B55 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057794647.1PF27980
EML_helical 71-153 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057794647.1 |
Pfam | PF27980 |
EML_helical | Domain | 71 | 153 | 9e-28 | 97.1 | Embryogenesis-like protein helical domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。