Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004028`

染色体: Chr02 坐标: 62558746-62562572 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004028`
名称	SmilChr02G004028
描述	peptidyl-tRNA hydrolase, mitochondrial-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	62558746 - 62562572 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010959`
GeneID	`131010959`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010959`
原始查询	`LOC131010959`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	peptidyl-tRNA hydrolase, mitochondrial-like
产物	peptidyl-tRNA hydrolase%2C mitochondrial-like
Arabidopsis	`AT1G18440` (AT1G18440) Peptidyl-tRNA hydrolase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838424] identity=74.2; qcov=0.749; evalue=1.79e-108; confidence=high
Rice	`Os01g0693900` - identity=78; qcov=0.753; evalue=1.37e-112; confidence=high
GO	GO:0004045 (peptidyl-tRNA hydrolase activity)
KEGG	-
Pfam	PF01195 (Pept_tRNA_hydro)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010959

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057794653.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.20000	`XP_057794653.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057794653.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057794653.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057794653.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:62560114`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A7
`Chr2:62560116`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A10
`Chr2:62560226`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	A18
`Chr2:62560226`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A18
`Chr2:62560311`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B107,B140
`Chr2:62560319`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C17
`Chr2:62560351`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A13
`Chr2:62561179`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C43,C55,C65
`Chr2:62561205`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B107,B140
`Chr2:62561331`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B3,B61,C43,C55,C65
`Chr2:62561361`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C17
`Chr2:62561473`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A18,B104,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794653.1

259 aa

130

259

Pept_tRNA_hydro

PF01195 Pept_tRNA_hydro 68-254 aa

XP_057794654.1

259 aa

130

259

Pept_tRNA_hydro

PF01195 Pept_tRNA_hydro 68-254 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794653.1`	Pfam	`PF01195`	Pept_tRNA_hydro	Domain	68	254	1.1e-66	224.9	Peptidyl-tRNA hydrolase
`XP_057794654.1`	Pfam	`PF01195`	Pept_tRNA_hydro	Domain	68	254	1.1e-66	224.9	Peptidyl-tRNA hydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938670.1
ATCAGTTTGGTAGGCAATATACATATAACCGAAGGCCCGCATTAATATCAGTGTTAGACATACTTCGGAACTGGCCCAGATCCACAAACCCATTGTCTACAGTATATGGTGTTAACTTTCCCAGACCACTTTTTTGCCCCTTGTTTCAAATTCAAAAATCATTTTTCAGCTCACTCAACTCTGGTCGTCGTGTGAAGGCCTTTATCGAGCTCGTATTTGTGAAGACATGGGCGAAGCTAGTACCTTGTAGAGACGGAATT...

XM_057938671.1
ATACTTCGGAACTGGCCCAGATCCACAAACCCATTGTCTACAGTATATGGTGTTAACTTTCCCAGACCACTTTTTTGCCCCTTGTTTCAAATTCAAAAATCATTTTTCAGCTCACTCAACTCTGGTCGTCGTGTGAAGGCCTTTATCGAGCTCGTATTTGTGAAGACATGGGCGAAGCTAGTACCTTGTAGAGACGGAATTGGCGAAGACCAGTGGACGAGAATATTGGAGTGATGGCGATGCTTGTTAAGCGGCAGATT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131010959
ATGCCAAATGCGCGTGAAATAATGTTCGGTATATCTGCTGGCTTATTTCCTCGGTCTCCAACGGCGGCTGCAATTGGGCGGCGCCACCTCCTTTCTGAATCCTCCTTCACCATTCCATGGTGGTATAATAACAAAAGTGGATTAAGATTGAAGACAATGGCCTCAATTTCAACAGATGTAGAAAAACCGTGGAAACCCTGGCTTTTCGTTGGCCTCGGCAACCCCGGGAAGCGCTACAGCGGTACTCGCCACAATGTGGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057794653.1
MPNAREIMFGISAGLFPRSPTAAAIGRRHLLSESSFTIPWWYNNKSGLRLKTMASISTDVEKPWKPWLFVGLGNPGKRYSGTRHNVGFELIDYIAEAEGISTSSISFKSAFGKGFIGDVPVMLAKPQTFMNASGESVGALVSYYKIPLDQVLAMFDDIDLPFAKLRLLPKGGHGGHNGMRSIITHLKCSRDFPRLRIGIGRPPGKMDAASFVLRPFNKQEREELDFTFQNGLEAVRILVQQDFNRSATFVNSAKSLHTL

XP_057794654.1
MPNAREIMFGISAGLFPRSPTAAAIGRRHLLSESSFTIPWWYNNKSGLRLKTMASISTDVEKPWKPWLFVGLGNPGKRYSGTRHNVGFELIDYIAEAEGISTSSISFKSAFGKGFIGDVPVMLAKPQTFMNASGESVGALVSYYKIPLDQVLAMFDDIDLPFAKLRLLPKGGHGGHNGMRSIITHLKCSRDFPRLRIGIGRPPGKMDAASFVLRPFNKQEREELDFTFQNGLEAVRILVQQDFNRSATFVNSAKSLHTL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器