Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004061`

染色体: Chr02 坐标: 62907616-62911162 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004061`
名称	SmilChr02G004061
描述	uncharacterized SmilChr02G004061
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	62907616 - 62911162 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131010994`
GeneID	`131010994`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131010994`
原始查询	`LOC131010994`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	TLR4 regulator/MIR-interacting MSAP protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840852]; symbol=AT1G42480; hit=AT1G42480; species=arabidopsis; confidence=high
产物	TLR4 regulator/MIR-interacting MSAP protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840852]; symbol=AT1G42480; hit=AT1G42480; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT1G42480` (AT1G42480) TLR4 regulator/MIR-interacting MSAP protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840852] identity=65.6; qcov=0.881; evalue=4.49e-69; confidence=high
Rice	`Os02g0117200` - identity=66.9; qcov=0.784; evalue=5.3e-64; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF11938 (DUF3456)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131010994

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057794708.1`
2	Endoplasmic reticulum lumen	内质网腔	1.00000	`XP_057794708.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057794708.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057794708.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057794708.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:62908494`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C39
`Chr2:62908504`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A20,B139,B97,C12,C51

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794708.1

185 aa

185

DUF3456

PF11938 DUF3456 27-166 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794708.1`	Pfam	`PF11938`	DUF3456	Family	27	166	8.2e-34	117.9	TLR4 regulator and MIR-interacting MSAP

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938725.1
GATTCTACTGGAAAAGATACCACACTCCTGTGCTGACGTGGCACTAACTTATTTGTTTTTTTCGCGTTGTTTTTGATAGTTGGAAAATTGCTCCTCCTTGGAAATCATCAAGCAGAAGAATATCGAGCAGCAAAAATGGCGAATTTCAACGTGAATTCAATCCTGTTAATCGCTATTTCGATTTTGGCGGCTTCGGCTTATGGAATTGAGGATAAATGTGCCGCCTGCAATGCAATTGCTATGGAGCTGGAGCGCGGACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131010994
ATGGCGAATTTCAACGTGAATTCAATCCTGTTAATCGCTATTTCGATTTTGGCGGCTTCGGCTTATGGAATTGAGGATAAATGTGCCGCCTGCAATGCAATTGCTATGGAGCTGGAGCGCGGACTCTCAAATGAAAAACCGAGAAATCATTTGGACATGAGACACCGTCTGGACTCCAAAGGTCAGCGACAAGGGAAGCTAATAGACTACAGAGTCAGTGAGTTGAGAGTCGTTGAACTTCTTGATGGGCTCTGCGAAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057794708.1
MANFNVNSILLIAISILAASAYGIEDKCAACNAIAMELERGLSNEKPRNHLDMRHRLDSKGQRQGKLIDYRVSELRVVELLDGLCENMQDYTLEKVDSSRQWIKVKDWDNLKTNKQEARAYSKDISSFCGRLLEETEDELSERIKKGSVKAGEVSKVLCQDISRYCSQTSGNGETVDDETSNEEL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器