当前解析结果
SmilChr02G004062| 统一新 Gene ID | SmilChr02G004062 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G004062 |
| 描述 | probable protein phosphatase 2C 27 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 62911482 - 62914872 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131010995 |
|---|---|
| GeneID | 131010995 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131010995 |
| 原始查询 | LOC131010995 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable protein phosphatase 2C 27 |
| 产物 | probable protein phosphatase 2C 27 |
| Arabidopsis | AT2G33700 (PP2CG1)Protein phosphatase 2C family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817935] identity=69.7; qcov=0.933; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os06g0597200 (OsPP2C57)- identity=56.8; qcov=0.779; evalue=3.94e-116; confidence=high |
| GO | GO:0004722 (protein serine/threonine phosphatase activity); GO:0006470 (protein dephosphorylation); GO:0043169 (cation binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00481 (PP2C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131010995 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057794709.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057794709.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057794709.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057794709.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057794709.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:62911904 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B40,C8 |
Chr2:62911913 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C68 |
Chr2:62912054 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B40,C8 |
Chr2:62912111 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A2 |
Chr2:62912222 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C17 |
Chr2:62913223 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A20,B139,B97,C12,C51 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057794709.1PF00481
PP2C 95-346 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057794709.1 |
Pfam | PF00481 |
PP2C | Family | 95 | 346 | 8.3e-72 | 242.6 | Protein phosphatase 2C |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。