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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004071

染色体: Chr02 坐标: 62988008-62990987 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004071
名称SmilChr02G004071
描述uncharacterized SmilChr02G004071
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向62988008 - 62990987 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011004
GeneID131011004
locus_tag-
NCBI NameLOC131011004
原始查询LOC131011004

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述inner membrane localized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840894]; symbol=AT1G42960; hit=AT1G42960; species=arabidopsis; confidence=high
产物inner membrane localized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840894]; symbol=AT1G42960; hit=AT1G42960; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G42960 (AT1G42960)
inner membrane localized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840894]
identity=57.5; qcov=0.927; evalue=2.43e-53; confidence=high
RiceOs12g0583400
-
identity=41.5; qcov=0.57; evalue=1.41e-10; confidence=low
GOGO:0009535 (chloroplast thylakoid membrane); GO:0009706 (chloroplast inner membrane)
KEGG-
PfamPF27515 (Ssl2009_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011004

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057794720.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 1.00000 XP_057794720.1
3 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 0.80000 XP_057794720.1
4 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.20000 XP_057794720.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794720.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794720.1
165 aa
N
1
82
165
Ssl2009_C
C
PF27515 Ssl2009_C 115-147 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794720.1 Pfam PF27515 Ssl2009_C Domain 115 147 3.3e-10 40.5 Ssl2009 C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938737.1
AAATCAATTTTGTAGTTTTCTGAAATACTCGACGTTGCAGCTGGCCGTCTTCGATATCATCGTCAGCGCAAATTAGGAACAAGAAACGACTCAAACTCCGACTTTTTTAATTTTCTTTACGCACAACACATACACATTCTCTGATTAGTTCACACACACTGCGGTGCTGAAATCTTAGCAAAATGTCAGCTCTCTCCAATTCTGTTGTGATTTCTGAACGCCCTCTCCTCCATCCATCTTCTGGTTCTTCTCTGAAATCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011004
ATGTCAGCTCTCTCCAATTCTGTTGTGATTTCTGAACGCCCTCTCCTCCATCCATCTTCTGGTTCTTCTCTGAAATCAGCAGAGGGCTTAGGGTCCTCCAAGTTGGCCTTCAGTATAAATGGCACTAAGAAATCGAGGAGCCTGAGTAAAGCACTCACCGTTCAAGCCAGTTACAGAGATGGTGGAAGGCCAAGCAGTGGTGGAAGTGTCTTTATTAGTGGATTTGTTCTAGGAGGACTAATTGTTGGAACTCTTGGCTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794720.1
MSALSNSVVISERPLLHPSSGSSLKSAEGLGSSKLAFSINGTKKSRSLSKALTVQASYRDGGRPSSGGSVFISGFVLGGLIVGTLGCVYAPQISKAITGTDKKDLMKKLPKFLYDEEKALEKQRKKLAEKIEQLNSAIDNVSTQLRTEEPPTEEALNVEDIEAVV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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