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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004077

染色体: Chr02 坐标: 63061183-63063735 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004077
名称SmilChr02G004077
描述probable inorganic phosphate transporter 1-9
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向63061183 - 63063735 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011010
GeneID131011010
locus_tag-
NCBI NameLOC131011010
原始查询LOC131011010

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable inorganic phosphate transporter 1-9
产物probable inorganic phosphate transporter 1-9
ArabidopsisAT1G76430 (PHT1;9)
phosphate transporter 1;9 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843976]
identity=64.3; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high
RiceOs06g0325200 (PT10)
-
identity=64.8; qcov=0.99; evalue=0; confidence=high
GOGO:0016020 (membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00083 (Sugar_tr); PF07690 (MFS_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011010

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole membrane 液泡膜 1.00000 XP_057794728.1
2 Vacuole 液泡 0.80000 XP_057794728.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057794728.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794728.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794728.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:63061376 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B132
Chr2:63061376 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B132
Chr2:63061392 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,C14
Chr2:63061416 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,C21
Chr2:63061438 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr2:63061442 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:63061533 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,D11
Chr2:63061800 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr2:63062919 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C84,D10
Chr2:63063018 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B40,C8
Chr2:63063026 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B17,C37
Chr2:63063369 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B40,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794728.1
516 aa
N
1
258
516
Sugar_tr
MFS_1
C
PF00083 Sugar_tr 23-494 aa PF07690 MFS_1 28-411 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794728.1 Pfam PF00083 Sugar_tr Family 23 494 3.3e-49 168.7 Sugar (and other) transporter
XP_057794728.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 28 411 2.9e-29 102.8 Major Facilitator Superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938745.1
AGCCCATTAAGAAAGTGAGTTCAAACGAAAAGTAAGAGAAAGGGAAAAATGGCGCTGAAAGTCCTTTCAGCCCTAGACTCCGCAAAGACGCAATTCTACCATTTCAAGGCGATCATCGTCGCCGGAATGGGGCTCTTCACCGACGCCTACGACCTCTTCTGCCTCCCTCCGATCATCAAGCTCCTCGGCCGCATCTACTACCCCAACCGCGAGGTCCCCGCCGCGGTCAGCTCCGCCATGGTAGCCGCCGCCCTCCTCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011010
ATGGCGCTGAAAGTCCTTTCAGCCCTAGACTCCGCAAAGACGCAATTCTACCATTTCAAGGCGATCATCGTCGCCGGAATGGGGCTCTTCACCGACGCCTACGACCTCTTCTGCCTCCCTCCGATCATCAAGCTCCTCGGCCGCATCTACTACCCCAACCGCGAGGTCCCCGCCGCGGTCAGCTCCGCCATGGTAGCCGCCGCCCTCCTCGGCGCCGTCGCCGGAAACCTCGTCTTCGGCCACCTCGGTGACCGCATCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794728.1
MALKVLSALDSAKTQFYHFKAIIVAGMGLFTDAYDLFCLPPIIKLLGRIYYPNREVPAAVSSAMVAAALLGAVAGNLVFGHLGDRIGRRRVYGLSLLLMVLSSVSCGFSACTSRSCVLLTLGIFRFALGVGIGGDYPLSATIMSEFANRRTRGAFIAAVFSMQGFGILVSSTVTMVVCAAFDNATRAPPDGETPLAADLAWRLILVFAAVPAALTYYWRMMMPETARYTALVERNVEQAVRDMQRVLAVSLSQIAEEEET...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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