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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004084

染色体: Chr02 坐标: 63112020-63117061 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004084
名称SmilChr02G004084
描述monosaccharide-sensing protein 2
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向63112020 - 63117061 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011014
GeneID131011014
locus_tag-
NCBI NameLOC131011014
原始查询LOC131011014

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述monosaccharide-sensing protein 2
产物monosaccharide-sensing protein 2
ArabidopsisAT4G35300 (TMT2)
tonoplast monosaccharide transporter2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829684]
identity=71; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0229400 (TMT2)
-
identity=72.4; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005366 (myo-inositol:proton symporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00083 (Sugar_tr); PF07690 (MFS_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011014

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole membrane 液泡膜 1.00000 XP_057794732.1
2 Vacuole 液泡 0.80000 XP_057794732.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794732.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794732.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794732.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:63113491 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B100,B138,B55,D11
Chr2:63113737 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A24,B102,B32,B69,C83
Chr2:63113933 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr2:63114001 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B102,B32,B69
Chr2:63114967 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:63115003 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C17
Chr2:63115003 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 C17
Chr2:63115084 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B96
Chr2:63115102 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B47,B80,B84,C24
Chr2:63115158 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B106,B73,C17,C63
Chr2:63115195 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A24,B102,B32,B69,C83
Chr2:63115252 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,C14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794732.1
739 aa
N
1
370
739
Sugar_tr
MFS_1
Sugar_tr
C
PF00083 Sugar_tr 7-223 aa PF07690 MFS_1 12-200 aa PF00083 Sugar_tr 498-727 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794732.1 Pfam PF00083 Sugar_tr Family 7 223 1.5e-90 305.0 Sugar (and other) transporter
XP_057794732.1 Pfam PF07690 MFS_1 Family 12 200 2.8e-27 96.3 Major Facilitator Superfamily
XP_057794732.1 Pfam PF00083 Sugar_tr Family 498 727 1.5e-90 305.0 Sugar (and other) transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938749.1
TTTTTTCTTTTTTAAAAAGAAGAAGAAGAAGGAATTACTATAATAAAAACATTTGGTCATCAATCACACCGTAAAGCTGGTATAAGTGTGCAACTACTACTCGTGATTGTTTCATAAGAATTTAAAGAAATTGGAAAATGATTGGGGCCAACAATCGAAAGCGGACAAAAATTCACAGTATCTAATGTTTTTACGGACAATATAATTCTTTCTCGATCAATTTGGGGCCTCAGCTTAGTTGTTTACTCTGTCGTCTTCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011014
ATGAACGGAGCCGCATTGGTAGCAATTGCTGCCACAATTGGCAATTTTTTACAGGGATGGGATAATGCAACCATTGCAGGCGCTGTCGTTTACATAAAAAAAGAGCTCGAGTTGTCGGCTGCCATAGAAGGGCTTATTGTGGCAATGTCGCTCATTGGTGCCACACTTATCACCACTTGCTCGGGGACGATTTCAGACTGGGTTGGTCGACGTCCTATGCTTATTTGTTCATCCATGTTCTATTTTCTAAGTGGGATAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794732.1
MNGAALVAIAATIGNFLQGWDNATIAGAVVYIKKELELSAAIEGLIVAMSLIGATLITTCSGTISDWVGRRPMLICSSMFYFLSGIIMLWSPNVYVLLLARLLNGFGIGLAVTLVPLYISETAPSEIRGLLNTLPQFTGSGGMFLAYCMIFGMSLLASPSWRLMLGVLSIPALLYFALTVFFLPESPRWLVSKGKMIEAKRVLQRLRGREDVSGEMALLVEGLAVGGETSIEEYIIGPADELDEDQEPTADRDAIKLYGP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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