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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004102

染色体: Chr02 坐标: 63337866-63340293 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004102
名称SmilChr02G004102
描述cell division control protein 2 homolog D
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向63337866 - 63340293 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011032
GeneID131011032
locus_tag-
NCBI NameLOC131011032
原始查询LOC131011032

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cell division control protein 2 homolog D
产物cell division control protein 2 homolog D
ArabidopsisAT1G20930 (CDKB2;2)
cyclin-dependent kinase B2;2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838687]
identity=86.3; qcov=0.965; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0512600 (CDKB2)
-
identity=78.8; qcov=0.974; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000082 (G1/S transition of mitotic cell cycle); GO:0000307 (cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex); GO:0004693 (cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0007165 (signal transduction); GO:0010389 (regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle); GO:0010468 (regulation of gene expression); GO:0030332 (cyclin binding)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011032

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057794753.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057794753.1
3 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057794753.1
4 Nucleoplasm 核质 0.60000 XP_057794753.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794753.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:63338812 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr2:63339261 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A8,B104,B140,C17

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794753.1
310 aa
N
1
155
310
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 12-302 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 14-216 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794753.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 12 302 8.2e-68 229.4 Protein kinase domain
XP_057794753.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 14 216 1.2e-27 97.6 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938770.1
TTTTTTAGAGCAACTTTTTAAACGGCCACAACAAACGCTCCTCGGGGGTTAGTTTGGGGATTTCAGCCCATCAAAGAATACTAATTTGAATTTCGAAACAGTTTGAAATTCAAAATTGTTGCCGTTATATTTGCGGATGGCTGTGTATATAGAATCCGCCATTTGCACGCAGAAGAAGACCTAATTCTTCCCCAATTTTGAATCGCATTTTCACGCACACACACACTTGAAGAAGAGAGAGAAATGGAAGAGAAACCGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011032
ATGGAAGAGAAACCGAAATCTGCAATGGAGGCATTCGAGAAGCTTGAGAAAGTTGGAGAAGGAACATATGGGAAAGTGTACAGAGCGAGAGAGAAGGCCACCGGAAAGATAGTGGCGTTGAAGAAAACGCGCCTCCATGAAGACGAAGAAGGGGTGCCGCCAACTACTCTTCGCGAGGTTTCGTTGCTCAGAATGCTGTCTAGAGATCCCCATGTGGTCAAATTGATGGATGTGAAACAAGGCCAGAACAAGGAAGGCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794753.1
MEEKPKSAMEAFEKLEKVGEGTYGKVYRAREKATGKIVALKKTRLHEDEEGVPPTTLREVSLLRMLSRDPHVVKLMDVKQGQNKEGKTVLYLVFEYMDTDVKKYIRSFRQTGDNIPSKIVKSLMYQLCKGVAFCHGHGVLHRDLKPHNLLMDRKTMMLKIADLGLARAFTVPIKKYTHEILTLWYRAPEVLLGATHYSPAVDMWSVACIFAELVTNQALFPGDSELQQLLHIFRLLGTPNEEVWPGVSKLVNWHEYPQWS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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