当前解析结果
SmilChr02G004109| 统一新 Gene ID | SmilChr02G004109 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G004109 |
| 描述 | squamosa promoter-binding-like protein 14 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 63388567 - 63394413 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131011037 |
|---|---|
| GeneID | 131011037 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131011037 |
| 原始查询 | LOC131011037 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | squamosa promoter-binding-like protein 14 |
| 产物 | squamosa promoter-binding-like protein 14 |
| Arabidopsis | AT1G20980 (SPL14)squamosa promoter binding protein-like 14 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838692] identity=48.6; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os08g0513700 (OsSPL15)- identity=49; qcov=0.521; evalue=1.9e-180; confidence=medium |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03110 (SBP); PF26102 (Ig_SPL7) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131011037 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057794762.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057794762.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057794762.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057794762.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057794762.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:63389988 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A10,B103,B127,B54 |
Chr2:63389995 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B100,B64,C70 |
Chr2:63390057 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr2:63390284 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B140 |
Chr2:63390355 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A16,B58,B82,C9 |
Chr2:63390420 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B138 |
Chr2:63390888 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B21,C56,C65 |
Chr2:63391103 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B118 |
Chr2:63391374 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C12 |
Chr2:63391389 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B69 |
Chr2:63391390 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B108,B50,C23 |
Chr2:63391416 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C12 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057794762.1PF03110
SBP 160-233 aa
PF26102
Ig_SPL7 666-770 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057794762.1 |
Pfam | PF03110 |
SBP | Domain | 160 | 233 | 1.2e-30 | 106.4 | SBP domain |
XP_057794762.1 |
Pfam | PF26102 |
Ig_SPL7 | Domain | 666 | 770 | 5.2e-33 | 114.3 | SPL7-like, immunoglobulin-like domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。