Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004121`

染色体: Chr02 坐标: 63483450-63491767 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004121`
名称	SmilChr02G004121
描述	chaperone protein dnaJ 10-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	63483450 - 63491767 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011046`
GeneID	`131011046`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011046`
原始查询	`LOC131011046`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	chaperone protein dnaJ 10-like
产物	chaperone protein dnaJ 10-like
Arabidopsis	`AT1G21080` (AT1G21080) DNAJ heat shock N-terminal domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838704] identity=73.9; qcov=0.948; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os09g0493800` (OsDjC70) - identity=78.5; qcov=0.868; evalue=0; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00226 (DnaJ); PF14308 (DnaJ-X)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011046

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057794774.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057794774.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057794774.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057794774.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057794774.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:63488759`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B10,B69
`Chr2:63489719`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B125,B17,B90,B92,D10
`Chr2:63489731`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr2:63490964`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794774.1

364 aa

182

364

DnaJ

DnaJ-X

PF00226 DnaJ 6-68 aa PF14308 DnaJ-X 133-324 aa

XP_057794775.1

364 aa

182

364

DnaJ

DnaJ-X

PF00226 DnaJ 6-68 aa PF14308 DnaJ-X 133-324 aa

XP_057794776.1

364 aa

182

364

DnaJ

DnaJ-X

PF00226 DnaJ 6-68 aa PF14308 DnaJ-X 133-324 aa

XP_057794777.1

364 aa

182

364

DnaJ

DnaJ-X

PF00226 DnaJ 6-68 aa PF14308 DnaJ-X 133-324 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794774.1`	Pfam	`PF00226`	DnaJ	Domain	6	68	1.6e-25	89.7	DnaJ domain
`XP_057794774.1`	Pfam	`PF14308`	DnaJ-X	Domain	133	324	1.3e-55	188.8	X-domain of DnaJ-containing
`XP_057794775.1`	Pfam	`PF00226`	DnaJ	Domain	6	68	1.6e-25	89.7	DnaJ domain
`XP_057794775.1`	Pfam	`PF14308`	DnaJ-X	Domain	133	324	1.3e-55	188.8	X-domain of DnaJ-containing
`XP_057794776.1`	Pfam	`PF00226`	DnaJ	Domain	6	68	1.6e-25	89.7	DnaJ domain
`XP_057794776.1`	Pfam	`PF14308`	DnaJ-X	Domain	133	324	1.3e-55	188.8	X-domain of DnaJ-containing
`XP_057794777.1`	Pfam	`PF00226`	DnaJ	Domain	6	68	1.6e-25	89.7	DnaJ domain
`XP_057794777.1`	Pfam	`PF14308`	DnaJ-X	Domain	133	324	1.3e-55	188.8	X-domain of DnaJ-containing

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938791.1
CATTATTTCTAGATTTTTTCCCCTTAAATTGTTTAACTGGTAACTTTTCTCATTCAAAATTGGATTGTGGTTCGAGCCAAAATTGATTTGAGCTATGATTCCACAAATATTATGATTATGATGTTAGACAACAAAAATGAAAAAAGAAAAATAAAAATAAAGGGGAGTATGCATCACTGCATCAGCATCAGCATCACGCCTTGTGAAGAAAAGTTCCTAAGATGTCACTGACAGTGCAAATGTATATAAATATATAATGG...

XM_057938793.1
TCAGCATCAGCATCACGCCTTGTGAAGAAAAGTTCCTAAGATGTCACTGACAGTGCAAATGTATATAAATATATAATGGAAGGGCGTTAATGTTTAGTGTTGTAACTGTTGTTACATAGATAGAGATATTCAAGAGAGAGAAAATGGAAGGAGAAATTGGTTTGTGGAATTACATACACACACGTGGTGTGGTGAAGGCGATGGAAACGCCCGCCAATCCGTTGGATTCACTTCCATTTCCAGGGGTGAGGGCTCTTTTC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA

LOC131011046
ATGGTGAAGGAGACGGAATACTATGATGTGCTGGGTGTAAGCCCCACCGCCACTGAGGCCGAGATTAAGAAAGCATATTACGTTAAGGCAAGGCAGGTTCATCCAGATAAAAACCCGAATGATCCTTTGGCTGCACGGAACTTTCAGATATTGGGAGAGGCATATCAAGTGCTGAGTGATCCTGCCCAAAGACAAAAATACGATGCTCATGGGAAGGCTGGAATCTCAGCAGACTCAATTATTGATCCTGCAGCAATCTT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA

XP_057794774.1
MVKETEYYDVLGVSPTATEAEIKKAYYVKARQVHPDKNPNDPLAARNFQILGEAYQVLSDPAQRQKYDAHGKAGISADSIIDPAAIFAMLFGSELFEEYIGKLAMASIASLDVFTETENVDAKMLQEKLRTVQKEREEKLAVILRDRLNVYVQGNKEEFIAHAEAEVTKLSNAAYGVDMLSTIGYIYARQAAKELGKKVIYLGVPFVAEWFRNKGHFIKSQVTAATGAIALIQLQEDMKKQLNAEGNYTEAELEEYMQSH...

XP_057794775.1
MVKETEYYDVLGVSPTATEAEIKKAYYVKARQVHPDKNPNDPLAARNFQILGEAYQVLSDPAQRQKYDAHGKAGISADSIIDPAAIFAMLFGSELFEEYIGKLAMASIASLDVFTETENVDAKMLQEKLRTVQKEREEKLAVILRDRLNVYVQGNKEEFIAHAEAEVTKLSNAAYGVDMLSTIGYIYARQAAKELGKKVIYLGVPFVAEWFRNKGHFIKSQVTAATGAIALIQLQEDMKKQLNAEGNYTEAELEEYMQSH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器