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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004132

染色体: Chr02 坐标: 63569532-63571536 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004132
名称SmilChr02G004132
描述aldehyde oxidase GLOX-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向63569532 - 63571536 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011057
GeneID131011057
locus_tag-
NCBI NameLOC131011057
原始查询LOC131011057

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述aldehyde oxidase GLOX-like
产物aldehyde oxidase GLOX-like
ArabidopsisAT1G75620 (AT1G75620)
glyoxal oxidase-related protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843897]
identity=61.4; qcov=0.963; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0258900
-
identity=58.1; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF07250 (Glyoxal_oxid_N); PF09118 (GO-like_E_set)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011057

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057794788.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794788.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794788.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794788.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057794788.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:63570695 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B102,C84
Chr2:63570732 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr2:63570759 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B133,C81
Chr2:63570820 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr2:63570854 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140
Chr2:63570948 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B13,B17,B34,C36,C48
Chr2:63571010 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B96,C59
Chr2:63571194 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B134,B25,B51,C2,C59
Chr2:63571212 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr2:63571214 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A10,B28
Chr2:63571232 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,C54
Chr2:63571239 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B103,B127

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794788.1
543 aa
N
1
272
543
Glyoxal_oxid_N
GO-like_E_set
C
PF07250 Glyoxal_oxid_N 42-427 aa PF09118 GO-like_E_set 436-541 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794788.1 Pfam PF07250 Glyoxal_oxid_N Repeat 42 427 1.7e-183 610.3 Glyoxal oxidase N-terminus
XP_057794788.1 Pfam PF09118 GO-like_E_set Domain 436 541 3.1e-26 92.3 Galactose oxidase-like, Early set domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938805.1
AGACAGCATGAGACATACATATAGTTTAATTTGTAGGTGTTTTGAGTCAAACATAATGAATGGAACATTCTAAGCCATATAACCAACACCAGCACGCACCAACCAACCAAATACATAGCTTACACAATATAAAATCAGAAATTCTCTTGTATATAAAGTGGGTAGCTAGCTAGGCAGATTCATCAACACAAACCATCCATCTCAAAAAAAAAGAAAAAGGAAAACATCAACATCGATGATGGCCAAGTTTATTGGTTTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011057
ATGATGGCCAAGTTTATTGGTTTCCTCGTACTAGTCTTGTTAATGCAAATGATGATTCCGAAAGCAGCTGGTGCCGGCGGCGGCAAGTGGAACCTCTTACGGTCAAACATCGGGGTGTCTGCCATGCACATGCAGCTGCTGAACAACGATCGTGTTGTGATCTTCGACCTCACTGATTTCGGGCCCTCAAACATCTCCCTCCCAAACAACCGCTGTCGCGACAACCCCAACGATCTGACACTCCAACACGATTGCACGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794788.1
MMAKFIGFLVLVLLMQMMIPKAAGAGGGKWNLLRSNIGVSAMHMQLLNNDRVVIFDLTDFGPSNISLPNNRCRDNPNDLTLQHDCTAHSVEYNVATNSIRPLYVYSNVWCSSGAAMPDGSLLQTGGFNDGYNTVRVFKPCNDASCDWQEFNNVLTHRRWYATNHILPDGRQIIFGGRDRFSYEFYPKRSGADLAIELPFLRATRDPTIENNLYPFVFLNVDGNLFIFANNRAILFDYVRGVVVRTYPTIPGGDPRNYPSS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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