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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004134

染色体: Chr02 坐标: 63596319-63597118 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004134
名称SmilChr02G004134
描述protein SMALL AUXIN UP-REGULATED RNA 12
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向63596319 - 63597118 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011061
GeneID131011061
locus_tag-
NCBI NameLOC131011061
原始查询LOC131011061

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein SMALL AUXIN UP-REGULATED RNA 12
产物protein SMALL AUXIN UP-REGULATED RNA 12
ArabidopsisAT1G75590 (AT1G75590)
SAUR-like auxin-responsive protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843894]
identity=56; qcov=1.06; evalue=1.73e-53; confidence=high
RiceOs04g0662200 (OsSAUR22)
-
identity=49.7; qcov=1.03; evalue=1.63e-29; confidence=medium
GOGO:0009733 (response to auxin)
KEGGsmil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF02519 (Auxin_inducible)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011061

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057794797.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057794797.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057794797.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057794797.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794797.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:63596510 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B106
Chr2:63596514 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:63596562 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:63596570 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr2:63596792 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B110,B135,C58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794797.1
142 aa
N
1
71
142
Auxin_inducible
C
PF02519 Auxin_inducible 12-99 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794797.1 Pfam PF02519 Auxin_inducible Domain 12 99 7.3e-29 100.6 Auxin responsive protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938814.1
GCAAGGCCACCACTATATAATCCCACGTTACCCCATCATTCAGTCCTCCCCCACTCTCACATCTCATTCTTACACAATAATATGTCAGCCTGCAGCAAGATTCGGCACATTGTCCGGATCCGGCAGATGCTCCGGCGGTGGCGCAAGAAGGCTGCCCGACGGGCCCCCTGCGACGTGCCAGCAGGGCACGTGGCAGTTACCGTTGGGTCGAATTGCAAACGGTTCGTGGTCCGGGCCACGCACCTTAACCACCCCTTATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011061
ATGTCAGCCTGCAGCAAGATTCGGCACATTGTCCGGATCCGGCAGATGCTCCGGCGGTGGCGCAAGAAGGCTGCCCGACGGGCCCCCTGCGACGTGCCAGCAGGGCACGTGGCAGTTACCGTTGGGTCGAATTGCAAACGGTTCGTGGTCCGGGCCACGCACCTTAACCACCCCTTATTCAAGAAGTTGTTGGTCCGGGCCGAGGAAGAGTTCGGGTTCAGCAACACCGGCCCGTTGGCGATACCTTGCGACGAAACTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794797.1
MSACSKIRHIVRIRQMLRRWRKKAARRAPCDVPAGHVAVTVGSNCKRFVVRATHLNHPLFKKLLVRAEEEFGFSNTGPLAIPCDETLFEEILRYVARSEAGVKSLPRFPTLEEHCHVGCRSHRHIWADSRPLLHGASDNNVW

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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