Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G004238`

染色体: Chr01 坐标: 60710545-60711123 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G004238`
名称	SmilChr01G004238
描述	protein VACUOLELESS GAMETOPHYTES
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	60710545 - 60711123 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011074`
GeneID	`131011074`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011074`
原始查询	`LOC131011074`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein VACUOLELESS GAMETOPHYTES
产物	protein VACUOLELESS GAMETOPHYTES
Arabidopsis	`AT2G42060` (AT2G42060) Cysteine/Histidine-rich C1 domain family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818806] identity=40.3; qcov=0.969; evalue=5.41e-36; confidence=medium
Rice	`Os08g0404500` - identity=26.4; qcov=0.87; evalue=4.45e-06; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03107 (C1_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011074

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057794813.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057794813.1`
3	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057794813.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057794813.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057794813.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:60710781`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B64,C36
`Chr1:60710793`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B83,C37,C59
`Chr1:60711082`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B124,C61,C78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794813.1

192 aa

192

C1_2

PF03107 C1_2 60-108 aa PF03107 C1_2 117-167 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794813.1`	Pfam	`PF03107`	C1_2	Domain	60	108	1.5e-19	70.7	C1 domain
`XP_057794813.1`	Pfam	`PF03107`	C1_2	Domain	117	167	1.5e-19	70.7	C1 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938830.1
ATGGAGTACAAGCATTTCAGCCACCAGCACACCTTGACCCTCTACAAAGTCCAAGCCGGGCAGCAGCTCCACTGCCACGGCTGCCACCTCCTCTGCCATGACTCGATCTTCGCCTGCTGGAGCTGCAAATTCTTCCTCCACGAGCACTGCGGCAATGCAAACAGATTTGTAAAGCACCCTTCCCACAAGCAGCACCCTCTCATCCTCATGCCTACTCCCACCTACTGCAGCGGCTCCTTCTTGTGCAACGGTTGTGGTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011074
ATGGAGTACAAGCATTTCAGCCACCAGCACACCTTGACCCTCTACAAAGTCCAAGCCGGGCAGCAGCTCCACTGCCACGGCTGCCACCTCCTCTGCCATGACTCGATCTTCGCCTGCTGGAGCTGCAAATTCTTCCTCCACGAGCACTGCGGCAATGCAAACAGATTTGTAAAGCACCCTTCCCACAAGCAGCACCCTCTCATCCTCATGCCTACTCCCACCTACTGCAGCGGCTCCTTCTTGTGCAACGGTTGTGGTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057794813.1
MEYKHFSHQHTLTLYKVQAGQQLHCHGCHLLCHDSIFACWSCKFFLHEHCGNANRFVKHPSHKQHPLILMPTPTYCSGSFLCNGCGVAGSTFSYCCALCEVDLHVPCAYLPPKVKHQSHEHEISITFQTTHEKDYCCKICSRELSSKHWSYLCDKAECSFRVHTFCATAEVKLGLYQDDAPEQPQAPVVFYI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器