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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004168`

染色体: Chr02 坐标: 63982161-63988633 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004168`
名称	SmilChr02G004168
描述	arginine--tRNA ligase, cytoplasmic-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	63982161 - 63988633 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011090`
GeneID	`131011090`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011090`
原始查询	`LOC131011090`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	arginine--tRNA ligase, cytoplasmic-like
产物	arginine--tRNA ligase%2C cytoplasmic-like
Arabidopsis	`AT4G26300` (emb1027) Arginyl-tRNA synthetase, class Ic [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828736] identity=73.1; qcov=0.971; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0163000` - identity=75; qcov=0.907; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004814 (arginine-tRNA ligase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006420 (arginyl-tRNA aminoacylation)
KEGG	smil00970 (Aminoacyl-tRNA biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00750 (tRNA-synt_1d); PF03485 (Arg_tRNA_synt_N); PF05746 (DALR_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011090

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057794841.1`
2	Mitochondrion	线粒体	0.80000	`XP_057794841.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057794841.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057794841.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057794841.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:63982678`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C50
`Chr2:63983232`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B69,D3
`Chr2:63984178`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B124,C25
`Chr2:63984588`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B138,B20,B25,C16,C85
`Chr2:63984654`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B124,C25,C83
`Chr2:63984757`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C38
`Chr2:63985121`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B6
`Chr2:63985121`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B6
`Chr2:63985359`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C57
`Chr2:63985364`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr2:63985370`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A24
`Chr2:63986222`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794841.1

648 aa

324

648

Arg_tRNA_synt_N

tRNA-synt_1d

DALR_1

PF03485 Arg_tRNA_synt_N 72-160 aa PF00750 tRNA-synt_1d 170-519 aa PF05746 DALR_1 533-647 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794841.1`	Pfam	`PF03485`	Arg_tRNA_synt_N	Domain	72	160	4.1e-19	69.7	Arginyl tRNA synthetase N terminal domain
`XP_057794841.1`	Pfam	`PF00750`	tRNA-synt_1d	Domain	170	519	1.6e-117	393.1	tRNA synthetases class I (R), catalytic domain
`XP_057794841.1`	Pfam	`PF05746`	DALR_1	Domain	533	647	4.3e-31	108.1	DALR anticodon binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938858.1
TATAAATACACACTAATGAATTCCTCGCATTTCAGTCTCCTCGCGCCGGTTTTCTCTCCTCTGCAACTCACTCGCCTCTGCCTCTCTCTCCTCTTTTCTCGCTCCCTAACTTATCAACCAACTACAGGTATTCTTAGAACTTCTAAAAGAATATTCTTCAGAACCAAGGCATCATCATTGACGACTATGGCAAATGATCAAGGGATTGCCGGTAGTCCTAAGCAACAGCTCGCAAAACTTTTTGAAGAATCTTTGAGACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011090
ATGAATTCCTCGCATTTCAGTCTCCTCGCGCCGGTTTTCTCTCCTCTGCAACTCACTCGCCTCTGCCTCTCTCTCCTCTTTTCTCGCTCCCTAACTTATCAACCAACTACAGGTATTCTTAGAACTTCTAAAAGAATATTCTTCAGAACCAAGGCATCATCATTGACGACTATGGCAAATGATCAAGGGATTGCCGGTAGTCCTAAGCAACAGCTCGCAAAACTTTTTGAAGAATCTTTGAGACTCACAGTCCCGGAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057794841.1
MNSSHFSLLXAPVFSPLQLTRLCLSLLFSRSLTYQPTTGILRTSKRIFFRTKASSLTTMANDQGIAGSPKQQLAKLFEESLRLTVPEELDIDPAIAPCQNPKFGDYQCNNAMGLWSKVKGRSTQFKNPQQIGQAIKANLPASEMIDGSSIAGPGFVNVKLSREWIAKCIQNMLMDGIETWAPKLSVKRAVVDFSSPNIAKEMHVGHLRSTIIGDTLARMLEYSNVEVLRRNHVGDWGTQFGMLIEFLFEKFPSLEVVNDQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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