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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004181

染色体: Chr02 坐标: 64119947-64127847 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004181
名称SmilChr02G004181
描述kinesin-like protein KIN-6
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向64119947 - 64127847 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011104
GeneID131011104
locus_tag-
NCBI NameLOC131011104
原始查询LOC131011104

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述kinesin-like protein KIN-6
产物kinesin-like protein KIN-6
ArabidopsisAT1G20060 (AT1G20060)
ATP binding microtubule motor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838594]
identity=49.8; qcov=0.63; evalue=2.74e-157; confidence=high
RiceOs02g0101800
-
identity=45.5; qcov=0.611; evalue=9.6e-132; confidence=high
GOGO:0003777 (microtubule motor activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005871 (kinesin complex); GO:0005874 (microtubule); GO:0007018 (microtubule-based movement); GO:0008017 (microtubule binding); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity)
KEGG-
PfamPF00225 (Kinesin); PF16796 (Microtub_bd)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011104

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057794859.1
2 Chromosome 染色体 0.60000 XP_057794861.1
3 Cytoskeleton 细胞骨架 0.40000 XP_057794861.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794859.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057794859.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:64120141 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C64,C66
Chr2:64120265 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr2:64120691 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B100,B112,B114,B64,C70
Chr2:64120725 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:64121850 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B40,C8,D11
Chr2:64121988 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C64,C66
Chr2:64122008 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B82,C30,C71
Chr2:64122739 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B93,C82
Chr2:64122823 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A21,B1,B82,C30,C71
Chr2:64123031 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B40,C8
Chr2:64123149 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr2:64124259 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,B103,B127,B54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794859.1
1008 aa
N
1
504
1008
Kinesin
Microtub_bd
C
PF00225 Kinesin 112-429 aa PF16796 Microtub_bd 121-241 aa
XP_057794860.1
1003 aa
N
1
502
1003
Kinesin
Microtub_bd
C
PF00225 Kinesin 112-429 aa PF16796 Microtub_bd 121-241 aa
XP_057794861.1
998 aa
N
1
499
998
Kinesin
Microtub_bd
C
PF00225 Kinesin 112-429 aa PF16796 Microtub_bd 121-241 aa
XP_057794862.1
993 aa
N
1
496
993
Kinesin
Microtub_bd
C
PF00225 Kinesin 112-429 aa PF16796 Microtub_bd 121-241 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794859.1 Pfam PF00225 Kinesin Domain 112 429 1.6e-54 185.8 Kinesin motor domain
XP_057794859.1 Pfam PF16796 Microtub_bd Domain 121 241 1.2e-09 38.9 Microtubule binding
XP_057794860.1 Pfam PF00225 Kinesin Domain 112 429 1.6e-54 185.8 Kinesin motor domain
XP_057794860.1 Pfam PF16796 Microtub_bd Domain 121 241 1.2e-09 39.0 Microtubule binding
XP_057794861.1 Pfam PF00225 Kinesin Domain 112 429 5.1e-54 184.2 Kinesin motor domain
XP_057794861.1 Pfam PF16796 Microtub_bd Domain 121 241 1.2e-09 39.0 Microtubule binding
XP_057794862.1 Pfam PF00225 Kinesin Domain 112 429 5.1e-54 184.2 Kinesin motor domain
XP_057794862.1 Pfam PF16796 Microtub_bd Domain 121 241 1.2e-09 39.0 Microtubule binding

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938878.1
GACCCGCTATTATTCAATATCTAATGGCCATTTTGATATTTGAATTCCCTCTCATATAATTCAAATCCAAATAGCTAACGGCTCTTCCAATTGTGAAAAATGGAGATGAAATCTCCTCCGCCGTGTCCCGCCACCGTCACCATCCGCCGCAACCCACCTCGAAAAGCACGCCCCACGCCCTCATCTGCCATTCCCCTCCGTCAACCGCTCTCTTCACCTTCTCTTTTACGAGACATTTTTGCCACTGACACAGCGCAGAA...
XM_057938876.1
ATTCCCTCTCATATAATTCAAATCCAAATAGCTAACGGCTCTTCCAATTGTGAAAAATGGAGATGAAATCTCCTCCGCCGTGTCCCGCCACCGTCACCATCCGCCGCAACCCACCTCGAAAAGCACGCCCCACGCCCTCATCTGCCATTCCCCTCCGTCAACCGCTCTCTTCACCTTCTCTTTTACGAGACATTTTTGCCACTGACACAGCGCAGAACCCTAACAATGCCGAACTTGCTAAAACCGATTCTTCGACGACA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131011104
ATGGAGATGAAATCTCCTCCGCCGTGTCCCGCCACCGTCACCATCCGCCGCAACCCACCTCGAAAAGCACGCCCCACGCCCTCATCTGCCATTCCCCTCCGTCAACCGCTCTCTTCACCTTCTCTTTTACGAGACATTTTTGCCACTGACACAGCGCAGAACCCTAACAATGCCGAACTTGCTAAAACCGATTCTTCGACGACAAGTCTCCCCGAGAACCTCAAGGTATTCTTAAGAATTCGCCCCTCCATTATTCAGAA...
LOC131011104
ATGGAGATGAAATCTCCTCCGCCGTGTCCCGCCACCGTCACCATCCGCCGCAACCCACCTCGAAAAGCACGCCCCACGCCCTCATCTGCCATTCCCCTCCGTCAACCGCTCTCTTCACCTTCTCTTTTACGAGACATTTTTGCCACTGACACAGCGCAGAACCCTAACAATGCCGAACTTGCTAAAACCGATTCTTCGACGACAAGTCTCCCCGAGAACCTCAAGGTATTCTTAAGAATTCGCCCCTCCATTATTCAGAA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057794859.1
MEMKSPPPCPATVTIRRNPPRKARPTPSSAIPLRQPLSSPSLLRDIFATDTAQNPNNAELAKTDSSTTSLPENLKVFLRIRPSIIQKTSRAIAESKNAWPKNAKLKSNARPKTKKSPEICVQANEDLRSVTVSTPQPLQEMKRIKSEVYEGFSHVFSAESSQNDVYEEMVKPLVEDFSMGKSGMLAAMGPSGSGKTHTVFGCAREPGMVPLALRRIFSQHESSTSQLSRVVYLSMFEISSERGKGEKMIDLLHDGGDVSL...
XP_057794860.1
MEMKSPPPCPATVTIRRNPPRKARPTPSSAIPLRQPLSSPSLLRDIFATDTAQNPNNAELAKTDSSTTSLPENLKVFLRIRPSIIQKTSRAIAESKNAWPKNAKLKSNARPKTKKSPEICVQANEDLRSVTVSTPQPLQEMKRIKSEVYEGFSHVFSAESSQNDVYEEMVKPLVEDFSMGKSGMLAAMGPSGSGKTHTVFGCAREPGMVPLALRRIFSQHESSTSQLSRVVYLSMFEISSERGKGEKMIDLLHDGGDVSL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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