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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004182

染色体: Chr02 坐标: 64130316-64134107 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004182
名称SmilChr02G004182
描述receptor protein kinase CLAVATA1
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向64130316 - 64134107 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011105
GeneID131011105
locus_tag-
NCBI NameLOC131011105
原始查询LOC131011105

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述receptor protein kinase CLAVATA1
产物receptor protein kinase CLAVATA1
ArabidopsisAT1G75820 (CLV1)
Leucine-rich receptor-like protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843915]
identity=61.9; qcov=0.99; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0134200 (OsRLCK222)
-
identity=53.1; qcov=0.985; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0033612 (receptor serine/threonine kinase binding)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08263 (LRRNT_2); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011105

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057794863.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794863.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794863.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794863.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057794863.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:64130629 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C64,C66
Chr2:64130647 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B100,B112,B114,B64,C70
Chr2:64131622 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,B103,B127,B54
Chr2:64131811 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C64,C66
Chr2:64131815 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr2:64131843 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C64,C66
Chr2:64131929 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B124,B69,C25
Chr2:64131931 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B95,C14,C7
Chr2:64132053 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr2:64132168 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C64,C66
Chr2:64132291 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr2:64132294 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794863.1
971 aa
N
1
486
971
LRRNT_2
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
LRR_1
LRR_1
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF08263 LRRNT_2 21-65 aa PF00560 LRR_1 165-183 aa PF23598 LRR_14 184-345 aa PF00560 LRR_1 239-260 aa PF13855 LRR_8 262-321 aa PF00560 LRR_1 286-308 aa PF00560 LRR_1 454-475 aa PF00560 LRR_1 501-520 aa PF00560 LRR_1 549-569 aa PF00069 Pkinase 685-956 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 685-958 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794863.1 Pfam PF08263 LRRNT_2 Family 21 65 8e-07 29.9 Leucine rich repeat N-terminal domain
XP_057794863.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 165 183 3.6e-41 131.0 Leucine Rich Repeat
XP_057794863.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 184 345 1.7e-23 83.6 Leucine-rich repeat region
XP_057794863.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 239 260 3.6e-41 131.0 Leucine Rich Repeat
XP_057794863.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 262 321 2.8e-36 123.8 Leucine rich repeat
XP_057794863.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 286 308 3.6e-41 131.0 Leucine Rich Repeat
XP_057794863.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 454 475 3.6e-41 131.0 Leucine Rich Repeat
XP_057794863.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 501 520 3.6e-41 131.0 Leucine Rich Repeat
XP_057794863.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 549 569 3.6e-41 131.0 Leucine Rich Repeat
XP_057794863.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 685 956 1.4e-42 146.6 Protein kinase domain
XP_057794863.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 685 958 3.3e-44 151.9 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938880.1
TAGAAGCAGCAGAAATGCAGAAGTCTCAGGAGAGAAGAATCTGACTTAACAGTTTCACATGCCGCCACCCCTTTACCCAAAATGCCACAATCCCCTTGGCCTTCTCCATCATTCATTACTAGTAATTTATCTATATATATATCTATCTATCATTAACTCTTCCGCTTCTTTCAAAACTCAATTTCAGCTGCCCTATAAACCTGTCTAACCATTTCGTATCCATCTCGCACTGCCAAAATCTTAACATGAAAAAGTTTCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011105
ATGAAAAAGTTTCTCAGTTTCCTCATCTTCATCAATTTCTCGTCAATTTTCGTCCATGCACAATCCGATCTCCACACGCTATTGAAGCTCAAATCATCCCTACTCGGGCCCTCGGGCTCGGGCCTCCATGACTGGGCCCCGCCGCCGTCTCCTTCCCCTTTAGCGCACTGCAACTTTTCCGGCGTCACGTGCGATGGATCGCATGTCACGTCGCTCAGCGTCACTGGCGTCCCGCTCCTCGGCATTCTGCCTCCGGAGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794863.1
MKKFLSFLIFINFSSIFVHAQSDLHTLLKLKSSLLGPSGSGLHDWAPPPSPSPLAHCNFSGVTCDGSHVTSLSVTGVPLLGILPPEIGLLDRLVSLTLAAVNLTGPLPLEMSNLSSLKQVNLSWNSINGTFPAEMVLSFAELQVFDVYNNNFTGNLPLEFVSLKKLRVLSLAGNYFSGNIPEIYSDFESLAHLALQGNCLTGRIPAGLAKIPNLQELYLGYFNAYDGGIPAEFGSISTLKLLDLAHCNLTGEIPASLGNL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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