当前解析结果
SmilChr01G004263| 统一新 Gene ID | SmilChr01G004263 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G004263 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr01G004263 |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 60898090 - 60902347 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131011108 |
|---|---|
| GeneID | 131011108 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131011108 |
| 原始查询 | LOC131011108 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT4G29090 (AT4G29090)Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829030] identity=25.7; qcov=0.416; evalue=2.57e-48; confidence=low |
| Rice | Os06g0484800- identity=30.6; qcov=0.576; evalue=2.96e-112; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00078 (RVT_1); PF13456 (RVT_3); PF13966 (zf-RVT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131011108 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057794871.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057794871.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057794871.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057794871.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057794871.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:60898109 |
C |
CG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 65 | A11,A16,A18,A3,A6,A9,B103,B105,B107,B110,B111,B117,B122,B124,B130,B138,B16,B18,B19,B2,B26,B30,B33,B34,B35,B36,B38,B39,B46,B5,B56,B59,B66,B68,B71,B72,B74,B76,B77,B79,B8,B9,B90,B92,B96,C18,C2,C21,C37,C38,C39,C43,C5,C56,C57,C65,C71,C72,C74,C83,C86,D1,D3,D5,D7 |
Chr1:60898127 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A22,B57,C41 |
Chr1:60898128 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C76 |
Chr1:60898219 |
T |
TTG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 6 | B132,B19,B34,C12,C39,C66 |
Chr1:60898220 |
T |
TGA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B91,C30 |
Chr1:60898220 |
T |
TGA |
2bp_insertion | CDS_variant | 2 | B91,C30 |
Chr1:60898222 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B5,C59 |
Chr1:60898222 |
AC |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | B5,C59 |
Chr1:60898224 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B5,C59 |
Chr1:60898232 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C66 |
Chr1:60898443 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A11,A3 |
Chr1:60898515 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B17,B25,C21,C76,D7 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057794871.1PF00078
RVT_1 467-704 aa
PF13966
zf-RVT 1003-1075 aa
PF13456
RVT_3 1182-1303 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057794871.1 |
Pfam | PF00078 |
RVT_1 | Domain | 467 | 704 | 1.1e-28 | 101.2 | Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) |
XP_057794871.1 |
Pfam | PF13966 |
zf-RVT | Domain | 1003 | 1075 | 2e-14 | 54.7 | zinc-binding in reverse transcriptase |
XP_057794871.1 |
Pfam | PF13456 |
RVT_3 | Domain | 1182 | 1303 | 2.9e-16 | 60.2 | Reverse transcriptase-like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。