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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004190

染色体: Chr02 坐标: 64220433-64223781 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004190
名称SmilChr02G004190
描述uncharacterized SmilChr02G004190
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向64220433 - 64223781 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011111
GeneID131011111
locus_tag-
NCBI NameLOC131011111
原始查询LOC131011111

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述cylicin [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:2745546]; symbol=AT2G17787; hit=AT2G17787; species=arabidopsis; confidence=low
产物cylicin [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:2745546]; symbol=AT2G17787; hit=AT2G17787; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT2G17787 (AT2G17787)
cylicin [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:2745546]
identity=29.3; qcov=1.1; evalue=2.83e-19; confidence=low
RiceOs10g0124100
-
identity=39.5; qcov=0.231; evalue=6.48e-07; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011111

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057794874.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794874.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794874.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057794874.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057794874.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:64220630 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B44,D11
Chr2:64220728 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B132,B78,C83
Chr2:64220919 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B125,B17,B90,B92,C79
Chr2:64220930 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:64220952 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C7
Chr2:64220983 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B40,C8
Chr2:64221110 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B40,C8
Chr2:64221179 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B12,B86,C64,C66
Chr2:64221336 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C75,D1
Chr2:64221342 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr2:64221392 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B18,B91
Chr2:64221405 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938891.1
TGATTATTTTACGCGTCTCTGCCTCTTTCATTGTTGAAACCCTAACCCTAGGGCAACCAGAGATCTGCGCCTCCCGTCGTCCAGATCCATTATTCTGCAATACTTCTTAAATCTTTAGAAGAACCCTATATTCCTTTGCCTTTAGTGGGATTTGTTATTTGTTTTACGGGTAAATCTTCGATTCGATCTTCGATTCAATCTCCGATTCGAGATGTCTCGGTGCTTTCCGTACCCACCACCGGGGTATGCTTTGAGCAGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011111
ATGTCTCGGTGCTTTCCGTACCCACCACCGGGGTATGCTTTGAGCAGCGACAGAAAAGATGCCTTGATCGAATCGATTAAGCTCCAAAAGCAAAAGGTCCAAGCTGAGGAACAGATGAAGAAGGAGAAGAGAAGGGATAAGAAAGAGAAAAAGAAAGACAAGAAAGAAAAGAAAGACAAGAAAGATAGGAAAGACAAGAGAAGTCAGAAAAAGGACAATTCTGATATTGTCCATAGTCATTTTGGTGAAAATATCTGGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794874.1
MSRCFPYPPPGYALSSDRKDALIESIKLQKQKVQAEEQMKKEKRRDKKEKKKDKKEKKDKKDRKDKRSQKKDNSDIVHSHFGENIWTAKADFSHNGSKIEPEQLERSSLTEEHAKPVCLRGPSSSSDSTENSNKRKRQSSPVDVSRGHGKIIRIRLSSKKQNQSDAPPVNEQKHCSTSGRIHGPPQIENDVSLRQRSEGFCSTSGSTSNVGQSLVLKTGGEWIHVASNRVKTAAPLQTNALPAPAKKIKTASPLETKALP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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