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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004205

染色体: Chr02 坐标: 64313770-64316621 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004205
名称SmilChr02G004205
描述uncharacterized SmilChr02G004205
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向64313770 - 64316621 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011121
GeneID131011121
locus_tag-
NCBI NameLOC131011121
原始查询LOC131011121

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述GDSL esterase/lipase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837674]; symbol=AT1G11320; hit=AT1G11320; species=arabidopsis; confidence=high
产物GDSL esterase/lipase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837674]; symbol=AT1G11320; hit=AT1G11320; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G11320 (AT1G11320)
GDSL esterase/lipase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837674]
identity=46.2; qcov=1.02; evalue=2.88e-128; confidence=high
RiceOs06g0724200
-
identity=35.1; qcov=0.933; evalue=7.65e-70; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011121

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057794885.1
2 Chloroplast membrane 叶绿体膜 1.00000 XP_057794885.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794885.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794885.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794885.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:64314891 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B107,B140,C12
Chr2:64314991 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B115,C45
Chr2:64315023 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr2:64315074 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C10,C81
Chr2:64315235 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B25,C79
Chr2:64315672 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B120,B125,B17,B90,B92
Chr2:64315686 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,B103,B127,B54
Chr2:64315695 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B138,C42
Chr2:64315714 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,B103,B127
Chr2:64315878 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B115,C45
Chr2:64316170 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B115,C45
Chr2:64316196 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B64,C31,C44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938902.1
GACCGTAGCGCTCTCCCTTTCCTTTTAAAAAAAAGGAAAAACCTAAAAAACCAATAGCGCACTAGAAGAACCACGATTTACGAAAATTGCTGAGAACTATGTGAGCAGAAAACCCCAGCACTTACGCTACTGATGGAGCAGCAGCCTATACATACACTTATAGATACATTTGAGGAGGGCTCGAAAAATTGAAATTCACAATGGAGCCTCTAACAATATTCGTCGAAGAGCTCAAACGGCTCGCCACGACGGCGCAAGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011121
ATGGAGCCTCTAACAATATTCGTCGAAGAGCTCAAACGGCTCGCCACGACGGCGCAAGACTTGGCTCACGGCCTCCTCAGCTCCGGTCGCTGCAGACCGATTGATATCTTGAAGCGGTTACAACGAGAAGCTTTTTCAGATATCATGAAACTCAGGGATAGGCAAGACAAGGTAGAAAGACTACTCACTTTCTATAAATCTTCCAAGGGAAGTCCATTCCAGGAATCTAGCACTCATGTGAGGGGAAATGTGGATGTACT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794885.1
MEPLTIFVEELKRLATTAQDLAHGLLSSGRCRPIDILKRLQREAFSDIMKLRDRQDKVERLLTFYKSSKGSPFQESSTHVRGNVDVLGAFFVMDDLDEQKYNAIQRSGIRNGIDARLRFETDVREKDKLVAEFSANGKGQGDMLGGPLSLAKVLYAAHLSDWFSAVAIPMGAQCRDVGFPTNTHQERGVTNYSDSGPPLLYQHNGSAIGITVRKMNIVASMAQFVSNFAMQDNADGLACSSSTFGQIVWELSRNTKLSLL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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