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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G004213

染色体: Chr02 坐标: 64380776-64382352 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G004213
名称SmilChr02G004213
描述peroxidase 64-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向64380776 - 64382352 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011130
GeneID131011130
locus_tag-
NCBI NameLOC131011130
原始查询LOC131011130

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述peroxidase 64-like
产物peroxidase 64-like
ArabidopsisAT5G42180 (PER64)
Peroxidase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834223]
identity=67.7; qcov=0.997; evalue=1.96e-165; confidence=high
RiceOs02g0833900 (prx32)
-
identity=56.5; qcov=1; evalue=2.47e-125; confidence=high
GOGO:0004601 (peroxidase activity); GO:0006979 (response to oxidative stress); GO:0009505 (plant-type cell wall); GO:0009506 (plasmodesma); GO:0020037 (heme binding); GO:0042744 (hydrogen peroxide catabolic process)
KEGGsmil00940 (Phenylpropanoid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00141 (peroxidase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011130

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.60000 XP_057794893.1
2 Cell wall 细胞壁 0.40000 XP_057794893.1
3 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057794893.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794893.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794893.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:64381018 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140
Chr2:64381106 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C10,C81
Chr2:64381633 G GTA 2bp_insertion frameshift_variant 3 B108,B50,C23
Chr2:64381633 G GTA 2bp_insertion CDS_variant 3 B108,B50,C23
Chr2:64381847 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A11
Chr2:64381868 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 1 C7
Chr2:64381868 G GC 1bp_insertion CDS_variant 1 C7
Chr2:64382099 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B115,C45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794893.1
317 aa
N
1
158
317
peroxidase
C
PF00141 peroxidase 40-283 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794893.1 Pfam PF00141 peroxidase Domain 40 283 1.1e-84 284.7 Peroxidase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938910.1
TAATTATTCCTCACCAAGTCAACTCACATACAAATTAACCTAATCAATCCACAACCATGGCAGCCACACTTGTTCCTTTACTTAGTGTTATTTTCTCTTTGTTTATCCAGAATTCAAATGCATTAAGTGCTAATTACTATCTTCAAACATGCCCCCAGGCTGAGTCAATCATCACCAAAGCTGTGAGGAGGGCCATAATCAATGACAAAACAGCTCCAGCAGCTCTACTCAGAATGCACTTCCATGACTGCTTCGTTACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011130
ATGGCAGCCACACTTGTTCCTTTACTTAGTGTTATTTTCTCTTTGTTTATCCAGAATTCAAATGCATTAAGTGCTAATTACTATCTTCAAACATGCCCCCAGGCTGAGTCAATCATCACCAAAGCTGTGAGGAGGGCCATAATCAATGACAAAACAGCTCCAGCAGCTCTACTCAGAATGCACTTCCATGACTGCTTCGTTACAGGGTGTGATGGTTCGGTGCTGCTGGATTCTAAGGGAAAGAAGAAAGCAGAAAAAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794893.1
MAATLVPLLSVIFSLFIQNSNALSANYYLQTCPQAESIITKAVRRAIINDKTAPAALLRMHFHDCFVTGCDGSVLLDSKGKKKAEKDGPPNISLHAYYVIDNAKRDLEKMCPGVVSCADILAVAARDAVALSGGPTWDVPKGRKDGRVSRANDSLQLPFPTFNISQLQQSFSQRGLSLDDLVALSGGHTLGFSHCSSFQNRIHKFSNVSDVDPSMNPSFAASLRQICPMHNKVKNAGANLDFSPTAFDNTYYKLLLKGKS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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