Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G004215`

染色体: Chr02 坐标: 64388940-64391627 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G004215`
名称	SmilChr02G004215
描述	transcription initiation factor TFIID subunit 8-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	64388940 - 64391627 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011133`
GeneID	`131011133`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011133`
原始查询	`LOC131011133`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	transcription initiation factor TFIID subunit 8-like
产物	transcription initiation factor TFIID subunit 8-like
Arabidopsis	`AT1G31240` (AT1G31240) Bromodomain transcription factor [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840012] identity=43.7; qcov=0.719; evalue=2.06e-12; confidence=low
Rice	`Os02g0699900` - identity=41.5; qcov=0.537; evalue=1.61e-09; confidence=low
GO	GO:0005669 (transcription factor TFIID complex); GO:0046982 (protein heterodimerization activity)
KEGG	-
Pfam	PF07524 (Bromo_TP)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011133

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057794897.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057794897.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057794897.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057794897.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057794897.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:64390350`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B139,C8
`Chr2:64390350`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B139,C8
`Chr2:64390382`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B139,B64,C8
`Chr2:64390390`	`TGA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	10	A10,A18,B120,B28,C25,C37,C49,C73,C75,C87
`Chr2:64390412`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B139,B64,C8
`Chr2:64390426`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B55,B79,C39
`Chr2:64390432`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B135,B40,B9,D2
`Chr2:64390443`	`TCC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	4	B114,B115,B139,B64
`Chr2:64390443`	`TCC`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	4	B114,B115,B139,B64
`Chr2:64390444`	`CCG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	97	A14,A15,A16,A22,A23,A5,A7,A8,A9,B10,B101,B103,B105,B107,B108,B11,B113,B117,B122,B124,B125,B130,B131,B132,B133,B136,B137,B14,B15,B18,B19,B20,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B29,B33,B37,B40,B41,B43,B44,B45,B46,B47,B5,B50,B55,B58,B61,B63,B68,B79,B82,B83,B91,B96,B97,B98,B99,C1,C13,C14,C17,C23,C24,C25,C26,C27,C29,C3,C32,C34,C41,C42,C44,C47,C5,C53,C57,C61,C64,C66,C7,C79,C82,C83,C85,C87,D1,D2,D7,D8,D9
`Chr2:64390450`	`G`	`GCT`	2bp_insertion	frameshift_variant	19	A9,B10,B101,B108,B23,B33,B37,B43,B50,B63,B83,C1,C23,C26,C3,C41,C61,C64,C79
`Chr2:64390460`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794897.1

121 aa

121

Bromo_TP

PF07524 Bromo_TP 13-71 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794897.1`	Pfam	`PF07524`	Bromo_TP	Domain	13	71	6.4e-14	52.4	Bromodomain associated

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938914.1
AGTCAGATGAATGGCCAGACGAATAATTGAAGCGCCACTAAAGTAACAAAAATGCAATTCTTGGAAACCCAACTGGAAGATTTTCCAACGATCTGTCAATCGATATGCTACAAAGGAGCTGAGAGATCGGCGCTCGAATCCCTAACCGACATCGCCACCAGATATTTGAAAGCAGTAGCCAAATTGAGCGCGGAATCCGCCAATTCGAGCGGGCGCACCGAATCAAACCTCTTCGACATCGTCGCCGCGATCGAAGACTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011133
ATGCAATTCTTGGAAACCCAACTGGAAGATTTTCCAACGATCTGTCAATCGATATGCTACAAAGGAGCTGAGAGATCGGCGCTCGAATCCCTAACCGACATCGCCACCAGATATTTGAAAGCAGTAGCCAAATTGAGCGCGGAATCCGCCAATTCGAGCGGGCGCACCGAATCAAACCTCTTCGACATCGTCGCCGCGATCGAAGACTTGACATCGGTGCAAGGCTTCGACGGCGTGCGGAGAGTGAGGTCGCAATCGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057794897.1
MQFLETQLEDFPTICQSICYKGAERSALESLTDIATRYLKAVAKLSAESANSSGRTESNLFDIVAAIEDLTSVQGFDGVRRVRSQSLWRSAVIRDSMSSTRTKLHLLSRCRRGVAPIKRYC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器