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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001771

染色体: Chr02 坐标: 32472307-32477304 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001771
名称SmilChr02G001771
描述uncharacterized SmilChr02G001771
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向32472307 - 32477304 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011145
GeneID131011145
locus_tag-
NCBI NameLOC131011145
原始查询LOC131011145

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述GroES-like zinc-binding alcohol dehydrogenase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820739]; symbol=AT3G15090; hit=AT3G15090; species=arabidopsis; confidence=high
产物GroES-like zinc-binding alcohol dehydrogenase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820739]; symbol=AT3G15090; hit=AT3G15090; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G15090 (AT3G15090)
GroES-like zinc-binding alcohol dehydrogenase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820739]
identity=72.1; qcov=0.927; evalue=5.24e-176; confidence=high
RiceOs01g0753100
-
identity=72.7; qcov=0.916; evalue=2.93e-174; confidence=high
GOGO:0016491 (oxidoreductase activity)
KEGG-
PfamPF00107 (ADH_zinc_N); PF08240 (ADH_N); PF13602 (ADH_zinc_N_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011145

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057794921.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 0.20000 XP_057794921.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 0.20000 XP_057794921.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794921.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794921.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:32473651 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr2:32473730 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A6,B105
Chr2:32475870 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A9,B103,C1
Chr2:32475970 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B102,B24,B52,C59,D11
Chr2:32475986 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr2:32476890 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794921.1
368 aa
N
1
184
368
ADH_N
ADH_zinc_N
ADH_zinc_N_2
C
PF08240 ADH_N 59-149 aa PF00107 ADH_zinc_N 190-273 aa PF13602 ADH_zinc_N_2 222-365 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794921.1 Pfam PF08240 ADH_N Domain 59 149 1e-14 55.3 Alcohol dehydrogenase GroES-like domain
XP_057794921.1 Pfam PF00107 ADH_zinc_N Domain 190 273 2.5e-10 41.1 Zinc-binding dehydrogenase
XP_057794921.1 Pfam PF13602 ADH_zinc_N_2 Domain 222 365 9.8e-18 66.1 Zinc-binding dehydrogenase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XR_009096766.1
TAATTTCAAATTTTAAATCTGATTAATGATATCTTCCTTAAGTGACATTTAAATCATTTTATTAACCGCTCCATTTTTCTTTTGTTTGGGAAAATAGCATAAAGGGATGGGTGAACTATAAGAAGCCACAAATTCGATCGTTTTTGCGGTTAAAATGGCGTCTACGAATTAGAATATGATGCTATATAAAGCAAAACCCTTTGGCCGACCACACGCCTGATTCATTTCCTTTCCCTAAATTCGTATGGAAAATCTAGTTA...
XR_009096767.1
TAATTTCAAATTTTAAATCTGATTAATGATATCTTCCTTAAGTGACATTTAAATCATTTTATTAACCGCTCCATTTTTCTTTTGTTTGGGAAAATAGCATAAAGGGATGGGTGAACTATAAGAAGCCACAAATTCGATCGTTTTTGCGGTTAAAATGGCGTCTACGAATTAGAATATGATGCTATATAAAGCAAAACCCTTTGGCCGACCACACGCCTGATTCATTTCCTTTCCCTAAATTCGTATGGAAAATCTAGTTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011145
ATGCGGTGGCTATTGCGGCGGAGCGGCGATATTGCGCTGATCGGTGGAACGTCAAAATTAGGGTTAAGTGAGTTCCGGCGCACGGTGGTCTCGAGCTGTAGAGCGGTGCTTCTGCCGCGGTTCGGCGGGCCGGAGGCACTGGAGCTCCGGGAGGATGTGATAATTCCTGATCTCAAGCCGAATGAGGTCCTCGTCCGAGCTCGCGCCGTCTCCGTCAATCCACTCGACTGTAGAATTCGCGCGGGCTATGGTCGTTCATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794921.1
MRWLLRRSGDIALIGGTSKLGLSEFRRTVVSSCRAVLLPRFGGPEALELREDVIIPDLKPNEVLVRARAVSVNPLDCRIRAGYGRSLYEPLLPLILGRDVSGEVAAVGNSVRSLIVGQEVFGALHPTAVRGTYTDYVILAEDELTPKPETISHVDASAIPFAALTAWRALQSIARIKQGQRVLVVGGGGAVGFSAIQLAVAAGCHVSTTCGGESVERILAAGAEQAVDFTTEDHERSIKGYFDAVLDTIGIPETEKMGIN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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