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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000639`

染色体: Chr02 坐标: 9674435-9678882 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000639`
名称	SmilChr02G000639
描述	RNA pseudouridine synthase 6, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	9674435 - 9678882 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011148`
GeneID	`131011148`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011148`
原始查询	`LOC131011148`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RNA pseudouridine synthase 6, chloroplastic-like
产物	RNA pseudouridine synthase 6%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT4G21770` (AT4G21770) Pseudouridine synthase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828265] identity=66.7; qcov=0.891; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os07g0660400` - identity=51.1; qcov=0.098; evalue=1.57e-08; confidence=weak
GO	GO:0001522 (pseudouridine synthesis); GO:0003723 (RNA binding); GO:0009982 (pseudouridine synthase activity)
KEGG	-
Pfam	PF00849 (PseudoU_synth_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011148

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057794924.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.60000	`XP_057794924.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057794924.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057794924.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057794924.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:9674679`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B104,B95,C14,C87,D11
`Chr2:9674730`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C49
`Chr2:9674730`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C49
`Chr2:9674846`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B8
`Chr2:9675294`	`CAT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	D11
`Chr2:9675294`	`CAT`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	1	D11
`Chr2:9675385`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B49
`Chr2:9675385`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B49
`Chr2:9675619`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B80
`Chr2:9675690`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B102
`Chr2:9675690`	`T`	`TG`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B102
`Chr2:9676044`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B130,B33,C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794924.1

479 aa

240

479

PseudoU_synth_2

PF00849 PseudoU_synth_2 227-396 aa

XP_057794925.1

478 aa

239

478

PseudoU_synth_2

PF00849 PseudoU_synth_2 227-395 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794924.1`	Pfam	`PF00849`	PseudoU_synth_2	Family	227	396	8.2e-23	82.0	RNA pseudouridylate synthase
`XP_057794925.1`	Pfam	`PF00849`	PseudoU_synth_2	Family	227	395	5.6e-25	89.1	RNA pseudouridylate synthase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938941.1
TCTAAATAAATTACTAATTCTTAGCCAGCATCTCGCCAGGGTCTTATCCGTCGTGGAACCACCAATAAGCCACCGGGACAATCGCCCGCAATGGCGGTCGGCGCCGCCGCGTCCTTCTCATCAATTCCCGGCGGCAGTGCGATCATCACACTTCTATCCGCCTCCAGTTTCCACCAAACCTTGTTCTCTCCCACCAGCCTCGCCTCCTCGCAGTCCCCTTTCAAACATATTCATAAACACCACGGTCTCAATGTCGTCAG...

XM_057938942.1
TCTAAATAAATTACTAATTCTTAGCCAGCATCTCGCCAGGGTCTTATCCGTCGTGGAACCACCAATAAGCCACCGGGACAATCGCCCGCAATGGCGGTCGGCGCCGCCGCGTCCTTCTCATCAATTCCCGGCGGCAGTGCGATCATCACACTTCTATCCGCCTCCAGTTTCCACCAAACCTTGTTCTCTCCCACCAGCCTCGCCTCCTCGCAGTCCCCTTTCAAACATATTCATAAACACCACGGTCTCAATGTCGTCAG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131011148
ATGGCGGTCGGCGCCGCCGCGTCCTTCTCATCAATTCCCGGCGGCAGTGCGATCATCACACTTCTATCCGCCTCCAGTTTCCACCAAACCTTGTTCTCTCCCACCAGCCTCGCCTCCTCGCAGTCCCCTTTCAAACATATTCATAAACACCACGGTCTCAATGTCGTCAGAAAAAATTTGAGCTGCAGAACAGCCGCGCCTGCTGATTGTAGTACGAATTTGTCAATTCCTACTAGTACTAATAGCTATCCTCCTTATGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057794924.1
MAVGAAASFSSIPGGSAIITLLSASSFHQTLFSPTSLASSQSPFKHIHKHHGLNVVRKNLSCRTAAPADCSTNLSIPTSTNSYPPYERLLPCPSQSGPPRVEHLAVLEGGPVLEYISKALDIPPLFVADLIHFGAVSYALVYPDPPPTATPEQIKAYKKFTDPSLLRNRSSIKGKTIRAAQKTFRITRTDEFVEAGTYLRVYVHPRRFPRCYEIDWRSRIIAVTESYIVLDKPAVLSQVGGTTNNIEETCATFTTRALGL...

XP_057794925.1
MAVGAAASFSSIPGGSAIITLLSASSFHQTLFSPTSLASSQSPFKHIHKHHGLNVVRKNLSCRTAAPADCSTNLSIPTSTNSYPPYERLLPCPSQSGPPRVEHLAVLEGGPVLEYISKALDIPPLFVADLIHFGAVSYALVYPDPPPTATPEQIKAYKKFTDPSLLRNRSSIKGKTIRAAQKTFRITRTDEFVEAGTYLRVYVHPRRFPRCYEIDWRSRIIAVTESYIVLDKPAGTSVGGTTNNIEETCATFTTRALGLD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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