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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001541

染色体: Chr02 坐标: 28672181-28672621 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001541
名称SmilChr02G001541
描述elongation factor 2-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向28672181 - 28672621 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011153
GeneID131011153
locus_tag-
NCBI NameLOC131011153
原始查询LOC131011153

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述elongation factor 2-like
产物elongation factor 2-like
ArabidopsisAT1G56070 (LOS1)
Ribosomal protein S5/Elongation factor G/III/V family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842058]
identity=74.7; qcov=1; evalue=1.1e-70; confidence=high
RiceOs02g0519900
-
identity=76; qcov=1; evalue=3.54e-77; confidence=high
GOGO:0003746 (translation elongation factor activity); GO:0003924 (GTPase activity); GO:0005525 (GTP binding); GO:0005829 (cytosol); GO:0006414 (translational elongation); GO:0043022 (ribosome binding); GO:1990904 (ribonucleoprotein complex)
KEGG-
PfamPF03764 (EFG_IV)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011153

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057794933.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057794933.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057794933.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794933.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794933.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:28672201 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B2,C1,D3
Chr2:28672257 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr2:28672286 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A9
Chr2:28672310 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A24,B5
Chr2:28672367 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:28672388 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr2:28672396 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,B140
Chr2:28672417 A AGT 2bp_insertion frameshift_variant 1 B104
Chr2:28672417 A AGT 2bp_insertion CDS_variant 1 B104
Chr2:28672428 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A9,D11
Chr2:28672467 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B104
Chr2:28672467 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794933.1
146 aa
N
1
73
146
EFG_IV
C
PF03764 EFG_IV 23-128 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794933.1 Pfam PF03764 EFG_IV Domain 23 128 1.5e-18 67.4 Elongation factor G, domain IV

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938950.1
ATGGAAGCCATAATGATGGAGAAGGGACTCACTGAGGCCATTGATGATGGACGCATTGGTCCCACGAATGATCCCAAGGTTCGATATATGACCTTGGCAAAGGAATTTGGGTGGGACAAACAACTTGCTAAGAAAATTTGGTGCTTTGGTCTTGAAAGTATTGGTCCCAACATGGTTATGGATATGTGTAGGGGAGTCCAGTATTTGAACGAAATCAAGGACTCTGTTGTTGTCGGTTTTCAATTAGCGTTTAAGACAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011153
ATGGAAGCCATAATGATGGAGAAGGGACTCACTGAGGCCATTGATGATGGACGCATTGGTCCCACGAATGATCCCAAGGTTCGATATATGACCTTGGCAAAGGAATTTGGGTGGGACAAACAACTTGCTAAGAAAATTTGGTGCTTTGGTCTTGAAAGTATTGGTCCCAACATGGTTATGGATATGTGTAGGGGAGTCCAGTATTTGAACGAAATCAAGGACTCTGTTGTTGTCGGTTTTCAATTAGCGTTTAAGACAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794933.1
MEAIMMEKGLTEAIDDGRIGPTNDPKVRYMTLAKEFGWDKQLAKKIWCFGLESIGPNMVMDMCRGVQYLNEIKDSVVVGFQLAFKTEALAEENMCCICFKVCDVVLHADANHRGGGYVIPVARMVIYAFQITTKPCILEPVYLVEI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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