Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000647`

染色体: Chr02 坐标: 9778243-9780096 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000647`
名称	SmilChr02G000647
描述	coatomer subunit beta'-2-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	9778243 - 9780096 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011178`
GeneID	`131011178`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011178`
原始查询	`LOC131011178`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	coatomer subunit beta'-2-like
产物	coatomer subunit beta'-2-like
Arabidopsis	`AT1G52360` (AT1G52360) Coatomer, beta' subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841666] identity=90.4; qcov=0.933; evalue=2.64e-76; confidence=high
Rice	`Os02g0209100` - identity=87.2; qcov=0.933; evalue=1.42e-77; confidence=high
GO	GO:0005198 (structural molecule activity); GO:0006886 (intracellular protein transport); GO:0016192 (vesicle-mediated transport); GO:0030117 (membrane coat)
KEGG	-
Pfam	PF04053 (B-prop_COPA_B_2nd)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011178

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	0.80000	`XP_057794961.1`
2	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	0.40000	`XP_057794961.1`
3	Clathrin-coated vesicle	Clathrin-coated vesicle	0.20000	`XP_057794961.1`
4	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057794961.1`
5	Trans-golgi network	Trans-golgi network	0.20000	`XP_057794961.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:9779812`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B60
`Chr2:9779843`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A20,B21,B87
`Chr2:9779900`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B124,C25
`Chr2:9779936`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B137
`Chr2:9779936`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B137

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794961.1

134 aa

134

B-prop_COPA_B_2nd

PF04053 B-prop_COPA_B_2nd 24-125 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794961.1`	Pfam	`PF04053`	B-prop_COPA_B_2nd	Repeat	24	125	3.8e-32	112.5	COPA/B second beta-propeller

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057938978.1
GCTGCGCCGGGATACGCCGTCGACATCTTGTTCGCCGCTTTCAGTCGCCATTGTGCCTTCTACCGAAACCCTATGCATCGATTTTGGTCATCGTGCGGCTCTGCCACCAGATTTCCCAAATTACAAAGCCCTTCTACGACTTGAAAACACATTGAATTATGGCCTTGAAAGAGTTTGGGCAGTTGGCTACATTAAAGGTTCAAGAAGGGTCGTAATCGGTTATGATGAAGGCACGATCATGGTAAAGCTTGGCCGTGAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011178
ATGGTAAAGCTTGGCCGTGAGGTACCTGTTGCTAGTATGGACAATGGAGGGAAAATAATTTGGGCCAAGCATAATGAAATTCAGACTGTCAACATCAAGAGTGTTGGGGCAGATTATGAGGTTGCTGATGGAGAGAGATTACCTTTGGCAGTTAAGGAACTGGGAAATTGCGATCTTTATCAACAGAGCTTAAAGCATAATCCCAATGGTAGGTTTGTTGTTGTATGTGGAGATGGTGAATACATAATATACACAGCTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057794961.1
MVKLGREVPVASMDNGGKIIWAKHNEIQTVNIKSVGADYEVADGERLPLAVKELGNCDLYQQSLKHNPNGRFVVVCGDGEYIIYTALAWRNRSFGSALEFVWSTEGEYAVRESTSKIKIFSKNFQVAFLFILFV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器