Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G001266

染色体: Chr02 坐标: 23218539-23221329 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G001266
名称SmilChr02G001266
描述uncharacterized SmilChr02G001266
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向23218539 - 23221329 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011179
GeneID131011179
locus_tag-
NCBI NameLOC131011179
原始查询LOC131011179

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os02g0135700; species=rice; confidence=low
产物hit=Os02g0135700; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT5G64420 (AT5G64420)
DNA polymerase V family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836563]
identity=41.4; qcov=0.861; evalue=9.84e-10; confidence=low
RiceOs02g0135700
-
identity=43.5; qcov=0.683; evalue=8.39e-10; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011179

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057794962.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057794962.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057794962.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794962.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794962.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:23219634 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B118,B41,B61,C22,C51
Chr2:23219636 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:23219663 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr2:23219758 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B13,C30,C54
Chr2:23220621 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:23220623 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B13,C30,C54
Chr2:23220624 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B32,B91
Chr2:23220625 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C48,D8
Chr2:23220651 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr2:23220652 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr2:23220658 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr2:23220671 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B13,C30,C54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XR_009096778.1
TTGTTGTTGATTCCTGTTGTTTTTCGTGATTCATCAATTCATTGCTCATCCTTATTTTTATTTAGCTTGAAGAAGAAAGATTTTGCTTTTCGTTTGGAATTTATATTCAGTGGATGGTTGAATGGCTTCCTCCTTTGGTATCTGATGTTTGTTGTTTCAGGTTTTTGCATTTTAAATAGTGCAAAAAACTTCATGTTAAAAATTGAATCATTTTGCCATTCCGTATATTGTTTTTTGGTTTTCTCCTTAATTGATTTTTT...
XM_057938979.1
TCCGCTTTCCCCCAAATCCCATTCTGCTGCTCCTTCTCTAATCACCAAACCCTACCAAGCCACTGCTATGGTAGACGGTAGCGGCAGGCGGATGAGTGAGAGGAAGAGGAAGAGGCAGAGGGCAGTTTTCTAATTTCGGTCTTGAGAGAGAGATTTTGGGTTTCTATATCTGGGGGTTTGACCAATTGAGGGATGGAGATGGAGAAAGAGTCGGCGAAGAGGTGAAGAAGGGGGCGGCGACGCGGCAGCCTTGGAAGAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011179
ATGCCGCTCCACTCTTACTTCAACTCGTCGAACAGCTACAATGCGGATTTCATCATCGAATTGACTTGTAGAGAGCAGAGTTTACAGGGTAAAATCGTCAAATCAGAGTCGCAAAATCCTTGTGCGTCATCTCTCCGCAATTCTAATTCTTCCGAGTGTGCTAGACAAAGGTTTGCACTTGGTCTTGCAATGTTAGTTGGCATGGTTCATAGCATTAAATTAGAGTCCTTGTTAAAGCTAATTACAACTTTGCTGGAGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794962.1
MPLHSYFNSSNSYNADFIIELTCREQSLQGKIVKSESQNPCASSLRNSNSSECARQRFALGLAMLVGMVHSIKLESLLKLITTLLEVSSSMKGVRRLKTAY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器