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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000706

染色体: Chr02 坐标: 11351622-11352593 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000706
名称SmilChr02G000706
描述uncharacterized SmilChr02G000706
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向11351622 - 11352593 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011188
GeneID131011188
locus_tag-
NCBI NameLOC131011188
原始查询LOC131011188

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011188

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057794968.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057794968.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794968.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057794968.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057794968.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:11351642 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B5,C59,D7
Chr2:11351642 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B5,C59,D7
Chr2:11351646 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B129,B52,C82,D4
Chr2:11351651 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 C48,D6
Chr2:11351651 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C48,D6
Chr2:11351693 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr2:11351698 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C30,C48,D6
Chr2:11351702 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A4,C19,C30,C46,C53
Chr2:11351712 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B126,B135,B66
Chr2:11351719 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,B84,C72,D11
Chr2:11351733 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B125
Chr2:11351734 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 130 A11,A14,A15,A16,A18,A19,A21,A24,A25,A4,A7,B1,B10,B103,B105,B108,B112,B113,B118,B12,B120,B122,B123,B124,B125,B128,B129,B133,B135,B137,B138,B139,B14,B140,B16,B17,B19,B20,B26,B28,B3,B32,B35,B38,B39,B41,B44,B47,B5,B50,B52,B53,B54,B57,B58,B6,B61,B63,B64,B65,B68,B69,B70,B71,B72,B79,B8,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B99,C1,C10,C13,C16,C17,C19,C20,C23,C24,C27,C3,C30,C31,C32,C34,C35,C36,C4,C40,C41,C42,C45,C46,C47,C48,C5,C50,C53,C55,C56,C58,C6,C61,C62,C63,C65,C66,C67,C68,C76,C77,C78,C8,C82,C84,C86,D10,D2,D5,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938985.1
ATGAGGCTGATGTGAAAAAAATGTGGTTAGACAAGGCCCGCAAAAGGTACAGTGACAACATGAGCGAGTATAAGAGACATCTCAAAGAGAAGACCGAGGCAGGGGAGATGATGGAGACACCGCTGGGCATGTCCGACACCTTTTGGACGGGACTCAAGGCATAATGGGATCAAGATGAGGTTAAGGTCGTTTCTATGCGCGCACGTGAGAACCGATACTCTAAGCCCGATGGAGTTGGTACAGGGATCAGTCGGCACGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011188
ATGCGCGCACGTGAGAACCGATACTCTAAGCCCGATGGAGTTGGTACAGGGATCAGTCGGCACGTTGGAGGGTCTCAGTCGAGTCGTATTCTGCAGCAGAGTCTGCTCGTGGATGGTGAAGTCCCCCCAACTGCATCTAACTACAGCACTTTCCTCCGCCTACACATGTACGCAGATGGAACTTTTGTGTCAGAAAAGGATGTCAACCTTGATGCGGAGATTCGTCGCGTTGCTGTTGAGACAGGACGAGAGGACCGACT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794968.1
MRARENRYSKPDGVGTGISRHVGGSQSSRILQQSLLVDGEVPPTASNYSTFLRLHMYADGTFVSEKDVNLDAEIRRVAVETGREDRLDEVYLELVRPSRSRLYGTGSAGVSQFSRGSTNSTGSSQMSQRMYETRISTLEERLQRAEEDRAAQEAAREAERAAREAERAAREALEERMTYFEEILRQSGQLP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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