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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G000708

染色体: Chr02 坐标: 11393227-11396038 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G000708
名称SmilChr02G000708
描述uncharacterized SmilChr02G000708
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向11393227 - 11396038 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011190
GeneID131011190
locus_tag-
NCBI NameLOC131011190
原始查询LOC131011190

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842501]; symbol=AT1G62050; hit=AT1G62050; species=arabidopsis; confidence=high
产物Ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842501]; symbol=AT1G62050; hit=AT1G62050; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G62050 (AT1G62050)
Ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842501]
identity=57.8; qcov=1.09; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0512100
-
identity=46.8; qcov=1.03; evalue=1.5e-142; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0005737 (cytoplasm)
KEGG-
PfamPF11904 (ANKRD13_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011190

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057794970.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057794970.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057794970.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057794970.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057794970.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:11393360 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr2:11393390 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr2:11393399 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,B135
Chr2:11393450 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,B74
Chr2:11393483 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 12 B100,B103,B120,B13,B22,B54,B67,C31,C47,C54,C74,C9
Chr2:11393602 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B131
Chr2:11394412 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr2:11394517 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr2:11394535 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B51,C25
Chr2:11394725 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A20
Chr2:11395003 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A14
Chr2:11395127 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B51

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794970.1
562 aa
N
1
281
562
ANKRD13_C
C
PF11904 ANKRD13_C 193-541 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057794970.1 Pfam PF11904 ANKRD13_C Domain 193 541 3.3e-92 310.2 ANKRD13 C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057938987.1
AATGTAATTTGCCAACTGCATAAAATAGCAGCGACAAAAATTCATGACCTGCACAGTTAAAGATTCACCAAAAGCCGCGCCGGGTAGACTCAATATTTACACTTCCTTTTCTTAAAGAAAAAGTCCTCAAAAAATACGCTATATACTGCAACAGCTCTCACACAGTCGCCCACAATATTTCCCTTATTAACTGCATGAACAATTGGTGCAGCATAACTCACCATTATTTCTACTCACCAAATATAGCGGCGCAGTTTCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011190
ATGTCCAAATCTTCGGCGGCGGCCACCGTCGTGCGGCCACAAGACTACGCCGACAGCCCCGCCCACTACGCGGTGGCGACAGGGGATCACGCCGCCCTCACCAAGCTCATATCCCCCTTGCCCAAACTATCCGACCCCATCCGCATCCACACCGAGTCCGAATCCCTAGCCGAGGAGCGCCTCGCCGAGCGAATCTCCGCCGCCCTCGACCGTCGCGACAACCGCCTCAGGGAGACCCCGCTCCACCTCGCCGTCCGCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057794970.1
MSKSSAAATVVRPQDYADSPAHYAVATGDHAALTKLISPLPKLSDPIRIHTESESLAEERLAERISAALDRRDNRLRETPLHLAVRLNDGAAVRALAAAGADISLQNAAGWNPLQEALLRRCPAIVPVLVQHHHLAAWSKWRRRLPRLAAALRRMRDFYMEISFHFESSVVPFVGKIAPSDTYRIWKRGGNLRADTSLAGYDGLKIQRANQSILFLNDEGICNGDVVSPQLGSLLILNHDEKKISNAFENAGNPLSDAEI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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