Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000717`

染色体: Chr02 坐标: 11527730-11531309 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000717`
名称	SmilChr02G000717
描述	uncharacterized SmilChr02G000717
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	11527730 - 11531309 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011203`
GeneID	`131011203`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011203`
原始查询	`LOC131011203`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os05g0585900; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os05g0585900; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT4G01100` (ADNT1) adenine nucleotide transporter 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827899] identity=79.7; qcov=0.434; evalue=6.04e-34; confidence=low
Rice	`Os05g0585900` - identity=84.1; qcov=0.434; evalue=9.96e-35; confidence=low
GO	GO:0004042 (L-glutamate N-acetyltransferase activity, acting on acetyl-CoA as donor); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006526 (L-arginine biosynthetic process)
KEGG	-
Pfam	PF00153 (Mito_carr)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011203

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057794980.1`
2	Mitochondrion membrane	线粒体膜	1.00000	`XP_057794980.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057794980.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057794980.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057794980.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:11528287`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr2:11528540`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B22,B86
`Chr2:11530142`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	35	A10,A13,A18,A20,A4,B104,B106,B108,B11,B114,B119,B126,B140,B17,B35,B66,B72,B73,B93,C11,C25,C30,C31,C35,C40,C65,C67,C69,C75,C79,C82,C83,D10,D11,D2
`Chr2:11530214`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B104
`Chr2:11530214`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr2:11530733`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794980.1

159 aa

159

Mito_carr

PF00153 Mito_carr 32-85 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794980.1`	Pfam	`PF00153`	Mito_carr	Repeat	32	85	3.2e-12	46.7	Mitochondrial carrier protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XR_009096785.1
TCTCTCTCGTTCTTCCTTCTCCGGCGCATCTCTCCGTCTGCCATTTCACCCTCATCGCCTCTCTCTATGGCCTCTGATGAAATCCGGCGAGCCGCCGCTTTCAACGGCTCTATGCTCTCTCTCCCTTCTTTGTCTTCCAATGAACCCCCACCTCCAAATCTAGAACCCTAGGACTTCGACTTCTCCGCGCCGCCCTTTTCCGCCGATCTTTCCGCGCTGCCTTCTCTCCCCGTCAATATCCACGGACGCCTCATTCTGTT...

XM_057938997.1
TCTCTCTCGTTCTTCCTTCTCCGGCGCATCTCTCCGTCTGCCATTTCACCCTCATCGCCTCTCTCTATGGCCTCTGATGAAATCCGGCGAGCCGCCGCTTTCAACGGCTCTATGCTCTCTCTCCCTTCTTTGTCTTCCAATGAACCCCCACCTCCAAATCTAGAACCCTAGGACTTCGACTTCTCCGCGCCGCCCTTTTCCGCCGATCTTTCCGCGCTGCCTTCTCTCCCCGTCAATATCCACGGACGCCTCATTCTGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011203
ATGCCTTCGTTGTTATCCGTCAATACTTGTTGTCTCCACTTCACCGCATTGCGTTGCAGTTATCCACAATCAATTCGTGAAATTGAGGTTCAAAATTCACAGAATATAAAGTACAATGGTACTATTCAAGGGTTGAAGTACATATGGAGAACTGAGGGATTTAGGGTCTTGTTCAAAGGGAATGGCACTAATTATGCTCGAATTGTCCCAAATTCAGCTGTAAAATTCTTCAGCTATGAGCAAGCATCCAAGGGTATATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057794980.1
MPSLLSVNTCCLHFTALRCSYPQSIREIEVQNSQNIKYNGTIQGLKYIWRTEGFRVLFKGNGTNYARIVPNSAVKFFSYEQASKGILYLYQQQTGNGCEPKYFTDGVSVASGNFLAAKRRGVVEGIDYGSTGEVKKVDVSRIQLLGKIFVQSGNNIKLC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器