Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000732`

染色体: Chr02 坐标: 11896837-11898215 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000732`
名称	SmilChr02G000732
描述	probable F-box protein At4g22030
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	11896837 - 11898215 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011216`
GeneID	`131011216`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011216`
原始查询	`LOC131011216`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable F-box protein At4g22030
产物	probable F-box protein At4g22030
Arabidopsis	`AT4G22030` (AT4G22030) F-box protein with a domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828292] identity=46.5; qcov=1.06; evalue=1.66e-120; confidence=high
Rice	`Os02g0225900` - identity=46.5; qcov=0.827; evalue=1.24e-75; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF14476 (Chloroplast_duf)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011216

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.60000	`XP_057794989.1`
2	Chloroplast	叶绿体	0.20000	`XP_057794989.1`
3	Lipid droplet	脂滴	0.20000	`XP_057794989.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057794989.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057794989.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:11896892`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B101
`Chr2:11896939`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr2:11897043`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr2:11897406`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C17
`Chr2:11897597`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C61
`Chr2:11897638`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B77,C48,C61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057794989.1

411 aa

206

411

Chloroplast_duf

PF14476 Chloroplast_duf 80-390 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057794989.1`	Pfam	`PF14476`	Chloroplast_duf	Family	80	390	8.1e-144	479.2	Petal formation-expressed

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939006.1
ACAAATCTTTTGAAAGCGAAAAAGAGAAAGAAAAAGAAAATGGCAGCGATGAAATCATCAAGCATAATATTACAATCATCATCAATAAAGATGAGTTCCCATGGAAGAGGAGGAATTACAAAGGCGGCAATGATCAATCTCCCAAAAAGAGTGACGAAAATAAGTCTTCCACAGCTGAGAGGCAACACTACTAGTTTTGAACAACTCGAAAAGCAGCTGAGCCCTAATGTGGAAGCTCTGATCGAAAAAGACGATGGCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011216
ATGGCAGCGATGAAATCATCAAGCATAATATTACAATCATCATCAATAAAGATGAGTTCCCATGGAAGAGGAGGAATTACAAAGGCGGCAATGATCAATCTCCCAAAAAGAGTGACGAAAATAAGTCTTCCACAGCTGAGAGGCAACACTACTAGTTTTGAACAACTCGAAAAGCAGCTGAGCCCTAATGTGGAAGCTCTGATCGAAAAAGACGATGGCGATGCATTAGTGGTAGCTAAGCTTCACGCGATTATGGAAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057794989.1
MAAMKSSSIILQSSSIKMSSHGRGGITKAAMINLPKRVTKISLPQLRGNTTSFEQLEKQLSPNVEALIEKDDGDALVVAKLHAIMEAVADRVEMHKNIGDQRKEWNSLLLSSINALTLAAATMAGIASTSHGDATAMTISSTAMYVAATGMLSIVNKIQPSQLAEEQRNATRLFKQLHTQIQTILSIGNPTPIHVNQIIEKVLALDKAFPLPLLGGAMLDKFPATLEPAVWWPQNTRKHHPKTTNQGYNGWNGKLEEEMR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器