Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G000757`

染色体: Chr02 坐标: 12340144-12343009 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G000757`
名称	SmilChr02G000757
描述	uncharacterized SmilChr02G000757
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	12340144 - 12343009 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131011237`
GeneID	`131011237`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131011237`
原始查询	`LOC131011237`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	extracellular ligand-gated ion channel protein (DUF3537) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821574]; symbol=AT3G20300; hit=AT3G20300; species=arabidopsis; confidence=high
产物	extracellular ligand-gated ion channel protein (DUF3537) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821574]; symbol=AT3G20300; hit=AT3G20300; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT3G20300` (AT3G20300) extracellular ligand-gated ion channel protein (DUF3537) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821574] identity=55.6; qcov=0.984; evalue=7.57e-173; confidence=high
Rice	`Os06g0635200` - identity=45.6; qcov=0.949; evalue=3.63e-114; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF12056 (DUF3537)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131011237

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole membrane	液泡膜	0.80000	`XP_057795009.1`
2	Vacuole	液泡	0.60000	`XP_057795009.1`
3	Cell membrane	细胞膜	0.20000	`XP_057795009.1`
4	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057795009.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057795009.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:12340368`	`TGA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B123
`Chr2:12340368`	`TGA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B123
`Chr2:12340406`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C64
`Chr2:12340715`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A23,C5
`Chr2:12340745`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B106,C36,C48,C71
`Chr2:12340759`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A23,C5
`Chr2:12340804`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr2:12340958`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B33,B46,C60,D3
`Chr2:12341002`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr2:12341118`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B29,B97,C2,C40
`Chr2:12341264`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B120,B27,C54
`Chr2:12342392`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B1,B104,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057795009.1

430 aa

215

430

DUF3537

PF12056 DUF3537 31-413 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057795009.1`	Pfam	`PF12056`	DUF3537	Family	31	413	1e-161	538.9	Protein of unknown function (DUF3537)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057939026.1
GAATACATGATCAGACACGTTCCAGCTATCAGGTAAACTCGACCCCGCCATTATAGCCATGACGTGTGTAAAAATGTTTCATAATCAAATGATTTGGGAAATCCAGAGTCAAACATATCCACATCCGAATTCAAAACAACTCATTTATTTCCAAATGATTTGGAAATATAACTCAATCTTTAGCACCCATAACCACGGATCACTGTGATTGATGCCTGCAGCTTCGTCCTCTCGCCCATCCTCAATCAGAACTAATCAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131011237
ATGGAATCAGGGGTGGCTGAGGATATTTCATCCAAAAGCAAATCGAATTCCGCCTCCCAGGATTCAAGTTTTGGGTTGGGGAGTTACATTTCGCCTCTGAAATGGCTGTTTCTCGATCACTCCAGCTTGTGGCGGGCCGGGCTCTCGTGGTCCATCTTCTTCGTGCTCAACTTCTGCGTTCCAATCGCTTCCCACTTTCTGTTTTCTTGCTCAGATTGTGATCCCGCTCACCAAAGGCCTTATGATGCGATTGTGCAGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057795009.1
MESGVAEDISSKSKSNSASQDSSFGLGSYISPLKWLFLDHSSLWRAGLSWSIFFVLNFCVPIASHFLFSCSDCDPAHQRPYDAIVQLSLSSFATVSFFCLSSFARTYGFRKFLFLDRLGDESDKIQQGYAQQFNRSMKLLLIFVLPCFLADSVYKIWWFSTVGTQIPYLYNIYLSKAVVCMLLMCSWLYRTSICYVVCILFHLTCYLQLLKLESYAHVFEGESDVASILTRHLRIRRNLRVISHRFRRFILLTLITVTMS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器