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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G004442

染色体: Chr01 坐标: 62542677-62543327 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G004442
名称SmilChr01G004442
描述protein DELAY OF GERMINATION 1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向62542677 - 62543327 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131011256
GeneID131011256
locus_tag-
NCBI NameLOC131011256
原始查询LOC131011256

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein DELAY OF GERMINATION 1-like
产物protein DELAY OF GERMINATION 1-like
ArabidopsisAT5G45830 (DOG1)
delay of germination 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834623]
identity=41; qcov=0.684; evalue=1.37e-20; confidence=low
RiceOs05g0560200 (OsDOG1L-3)
-
identity=37.6; qcov=0.731; evalue=2.76e-10; confidence=low
GOGO:0006351 (DNA-templated transcription); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131011256

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057795025.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057795025.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057795025.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057795025.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057795025.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:62542682 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B90,B92,C49
Chr1:62542690 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:62542691 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr1:62542693 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B33
Chr1:62542704 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C23
Chr1:62542704 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C23
Chr1:62542722 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr1:62542723 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr1:62542736 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B132,B35,C64,C79
Chr1:62542737 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr1:62542738 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B120,B66,C53
Chr1:62542797 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057939042.1
ATGTCCGCCGCTTCGAGTTCTGATATGCAGACCGCTCAGTTTGGCGCAGCAGAGGAGCGGCGGGATCTGGGATTTGTGTTCCGGGGTGACGATTACGGGGGGTTTTGGAGTGGAATCCGACGCGATCTGACGGCGGAGCAGCTGGGGCTCATCGACAAGCTGCAGCGGAGCACGGTGGCGGAGGAGTGGAGGATATCGAAGAAGGTGGCGAAGCAGCAGGAGAGTGTGGCGGATGCGGAGATGGTGGAGCTGAGTCAGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131011256
ATGTCCGCCGCTTCGAGTTCTGATATGCAGACCGCTCAGTTTGGCGCAGCAGAGGAGCGGCGGGATCTGGGATTTGTGTTCCGGGGTGACGATTACGGGGGGTTTTGGAGTGGAATCCGACGCGATCTGACGGCGGAGCAGCTGGGGCTCATCGACAAGCTGCAGCGGAGCACGGTGGCGGAGGAGTGGAGGATATCGAAGAAGGTGGCGAAGCAGCAGGAGAGTGTGGCGGATGCGGAGATGGTGGAGCTGAGTCAGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057795025.1
MSAASSSDMQTAQFGAAEERRDLGFVFRGDDYGGFWSGIRRDLTAEQLGLIDKLQRSTVAEEWRISKKVAKQQESVADAEMVELSQANRAEDDGEGIIGRRIKSAIRVKEEGFQKVLQSADDLRLGTLKAVVGILSPIQAVHFLIAAGELHLSLHEWGRDKDERDTMQQST

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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